说起KEGG的富集，马上脑海中就浮现了Y叔的R包-ClusterProfiler。当时身为生信小白的我并不是很清楚这个包是用来干什么的，用在什么数据上只知道这个包可以富集KO号然后转换成对应的代谢模块。当我拿着基因组KEGG注释下来的一堆KO号数据准备去富集的时候，看了clusterProfiler的教程，心想我的测序注释数据哪有什么p-value啊之类的数据还有差异的数据❓网上很多关于clusterProfiler的富集教程，但就是不说到底用在什么数据上。经文献查阅，最后才明白这个clusterProfiler包并不适用于我的二代原核基因组测序数据（草图或者全图），在此记录一下，以免以后某日又忘记，也其他小白同志们参考一下。
clusterProfiler的使用场景
- RNA-seq的数据
- chi-seq的数据
- 单细胞测序数据
- 蛋白质组数据
clusterProfiler原文
总结一下就是，
细菌的二代测序草图KEGG注释数据并不能使用clusterProfiler的包进行KEGG的富集，clusterProfiler主要是处理基因组水平以上的数据（就是不处理单菌二代三代测序的数据），转录组（转录水平）或者蛋白质组（翻译水平），。
参考
clusterProfiler官方教程
clusterProfiler论文
PS：预告一下未来还有原核基因组个性化分析的日志，已经在写了，各位看官走过路过别错过关注一下吧
看官们不点个赞👍再走吗？
