写于20201114
这部分，我是进行了基因组各个组分的一些统计。详细内容如下：

• 01.DMR和NSR在基因组中各个组分的占比
• 02.基因组各个基因组成分（exon、intron、TE和intergenic）的核酸多态性
• 03.各个亚群这些组分的核酸多态性分析
• 04.DMR、DSR和NSR这些组分的核酸多态性
• 05.DMR中各个组分的遗传多样性比较
• 06.整体DMR遗传多样性比较
• 07.DMR在基因组分上的分布（分Hyper和Hypo）
• 08.总体PIM到CER和CER到BIGD甲基化水平的趋势
• 09.三种类型DNA甲基化circos图
• 10.6圈DMR一圈驯化，一圈染色体的整体DMR的图谱

• 11.DMR的频率分布
  借鉴文章中的结果图：
  

  1.
  图1
  
  2.
  图2
  
  
  3.
  图3
  
  4.
  图4
  
  5.
  图5
  
  6.
  图6-1
  
  7.
  图6-2
  
  
  8.
  图7
  
  9.
  图8
  
  10.
  图9
  
  11.
  图10
  
  12.
  图11

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1.DMR和NSR在基因组中各个组分的占比
获取基因间区序列，需要先获取gene.bed和TE.bed，然后用bedtools complement 进行找到互补区域
bedtools complement -i gene.bed -g genome.bed
但是注意的是，这个互补区域中每条染色体的第一个位置为0，这样会对后面bedtools 操作造成报错。

获取TE、exon、intron和intergenic的bed后，用bedtools的intersect进行取交集，反映出覆盖了多少组分。
bedtools intersect -a exon.bed -b DOM.fin.bed -wb |awk '{print $4"\t"$5"\t"$6}' |less > temp.bed最开始我没想到，会有重复的行，所以造成间区和TE的区域特别多，后来我想到这个问题，所以需要添加bedtools sort -i temp.bed > temp.s.bed和bedtools merge -i temp.s.bed |awk '{sum+=($3-$2)}END{print sum}'|less
这样得到DMR和DSR的组分信息。