GO子集指南
关于子集
什么是GO子集？
- GO子集（也称为GO slims）是GO的缩减版本，包含术语的子集。它们由本体内的标签指定，用于指示给定术语是否是特定子集的成员。
为什么GO子集可能有用？
- GO子集对于提供给定进化枝或生物体基因组中发现的功能和过程范围的概述特别有用。鉴于本体内容的粗粒度视图没有特定细粒度术语的细节，这些细长可以提供对生物体至关重要的关键生物学功能的整体感觉。例如，臭虫中视蛋白基因的数量有限，或蜱中的激酶丰度。
- GO子集对于满足特定生物学领域的特定研究需求也很有用。例如，如果研究人员只对生物学的特定分支感兴趣，可能是老化或果实成熟，他们就不需要其他分支的术语，并且可以仅关注本体的一个分支下的那些术语。
- GO子集对于简化搜索或注释操作也很有用。通过减少用户所呈现的选择的数量，可以提高他们的整体效率。
谁可以创建子集？
- GO提供了一个通用子集，与GO本身一样，不是特定于物种的，并且应该适用于大多数目的。此外，GO联盟成员已经创建了许多模型生物特异性子集，可以下载下载。
- 或者，用户和用户社区可以创建自己的GO子集。有关创建和提交GO子集的更多信息，请联系GO帮助台。
如何维护GO子集？
- 如果他们打算为了重现性而保留它，则由创建GO子集的人来维护或不维护它。如果GO子集的开发人员希望将其与GO保持同步，他们将需要定期审查GO以获取新术语和其他更改。
下载GO子集
此列表中的GO子集作为GO平面文件的一部分进行维护。下面提供的下载文件是由该文件中的脚本生成的。
| 子集名称 | 维护者 | 文件名 | OBO格式 | OWL格式 | json格式 | yaml格式 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| GO slim AGR子集 | 由GO Consortium为基因组资源联盟开发 | goslim_agr | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 通用GO子集 | GO Consortium | goslim_generic | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 曲霉属 子集 | 曲霉基因组数据 | goslim_aspergillus | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 白色念珠菌 子集 | 念珠菌基因组数据库 | goslim_candida | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| Chembl药物目标子集 | ChEMBL | goslim_chembl | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 宏基因组子集 | InterPro 集团 | goslim_metagenomic | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 鼠标GO苗条 | 小鼠基因组信息学 | goslim_mouse | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 植物子集 | 拟南芥信息资源 | goslim_plant | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 蛋白质信息资源子集 | PIR | goslim_pir | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| Schizosaccharomyces pombe 子集 | PomBase | goslim_pombe | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 酵母子集 | Saccharomyces基因组数据库 | goslim_yeast | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
下载GO“ 反苗条 ”
出于内部检查的目的，GO保留了两个“反苗条”，这个术语不应该注释。创建子集时，绝不应使用“反模糊”术语。
| 子集名称 | 用法 | 文件名 | OBO格式 | OWL格式 | json格式 | yaml格式 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 不要注释 | 一组对分组有用的高级术语，但不应该有直接注释 | gocheck_do_not_annotate | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
| 不要手动注释 | 一组对分组有用的高级术语，但除了自动化工具之外，应该没有直接注释 | gocheck_do_not_manually_annotate | 敖包 | 猫头鹰 | JSON | YAML |
相关工具
OWLTools中的Map2Slim选项：给定GO子集，当前本体以及与当前本体的精确术语相关的特定基因产物关联，Map2Slim脚本将这些术语关联映射到来自GO子集的各自更广泛的术语。该脚本是OWLTools的一个选项，它可以用于创建一个新的基因关联文件，该文件包含相同的注释但是对子集项进行了注释; 或者在计数模式下，在这种情况下，它将为每个子集项提供不同的基因产物计数。有关如何下载，安装和实现OWLTools的背景信息和详细信息，以及有关如何运行Map2Slim脚本的说明，请参阅OWLTools Wiki。
在网络上：同样，有一些可能有用的在线工具。第一个是普林斯顿减肥工具，第二个是传统的AmiGO减肥工具。应该注意的是，在线工具通常包含限制和超时。
