目前经手的10x HD数据，基本上都要进行图像配准。建议先人工对齐，然后再进行spaceranger分析，以免分析完成后发现对不起齐，还要在调整后再次跑spaceranger。
官网： Visium HD Manual Alignment - Official 10x Genomics Support

1. loupe brower调整图片方向

（1）准备图片

• CytAssist小图
• HE大图
  （2）安装loupe browser
  （3）打开loupe browser ，软件里面的提示非常详细，跟着指引走就可以了，主要步骤如下：
• 点击左下角
  
  image.png
• 最下面有HD选项
  
  image.png

• 先传CytAssist图

  
  
  image.png
• 选择方向
  
  image.png
• 上传HE大图
  这个图通常很大，电脑配置不是特别好的话，有卡死风险，建议关闭其他软件后上传。
• 选择两张图的共有位置，推荐选择5-8个
  
  image.png
• 最后导出一个json文件

2. spaceranger分析

比不校准多了一个--loupe-alignment参数，用于添加校准后的json文件。
示例：

spaceranger count \
--id=EX3112360163167 \
--fastqs=/xxxxx/EX3112360163167 / \
--sample=EX3112360163167 \
--transcriptome=/xxxxx/refdata-cellranger-GRCh38-2020-A \
--image=/xxxxx/EX3112360163167 .tif \
--localmem=100 --localcores=8 \
--cytaimage=/xxxxx/EX3112360163167.tif  \
--slidefile=/xxxxx/H1-HHHHCVT.vlf \
--r1-length 43 --r2-length 50 \
--probe-set /xxxxx/spaceranger_3.0.0/spaceranger-3.0.0/probe_sets/Visium_Human_Transcriptome_Probe_Set_v2.0_GRCh38-2020-A.csv \
--create-bam true \
--loupe-alignment /xxxxx/json/H1-HHHHCVT-D1-fiducials-image-registration.json

不得不说人眼和大脑的配合真的很难被替代，期待图像识别算法早日优化哦~