plink GWAS [2]

样本质控

plink \
--bfile ../../00_ng/meta.common \
--noweb --remove common.miss.sample.meta.txt \
--maf 0.005 --geno 0.02 --hwe 0.00001 \
--recode --make-bed --out common.merge.meta.match

--remove 删除样本FID IID
--maf minor allele frequency 删除低频
--mind Missingness per individual 删除snp缺失多的样本
--geno Missingness per marker 删除样本缺失多的snp
--hwe Hardy-Weinberg equilibrium

用plink做GWAS（PCA、关联分析）并用R绘图
参考
https://plink.readthedocs.io/en/latest/plink_mani/
--mpheno的使用参考

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