后金（满清）西面与漠南蒙古（即内蒙古）相邻；漠南蒙古的南边又与明朝接壤，三股势力成鼎足之势。
当时，漠南蒙古各部互不统属， 相互攻伐，战乱不休。最强大的察哈尔林丹汗是成吉思汗黄金家族后裔，他经常出兵侵扰掠夺其他部落，且得到明朝支持——每年赐金八万一千两（史称“岁赏”），利用他为明朝抵御、牵制后金的进攻，按明廷的说法叫“以西夷制东夷”，遂成为后金西边的心腹之患。
皇太极征服李朝后，便把用兵重点对准了漠南蒙古。他不仅要除掉这西方的后顾之忧，而且希翼争取和借助漠南蒙古诸部的力量，联手进攻大明，使后金八旗大军心无旁骛地向关内发展。这样，漠南蒙古便成了明朝与后金争相笼络的对象。
早在努尔哈赤时代，后金就十分重视同蒙古的关系，他在统一满洲之际，即与科尔沁、喀尔喀蒙古部遣使通好，联姻盟誓，建立了抗击明朝和察哈尔蒙古部的军事同盟。然而这种盟友关系颇为松散，并不稳固，科尔沁部就经常被明朝拉拢“背盟助明”，袭扰后金，努尔哈赤也就时时发兵与科尔沁骑兵攻战。这“胡萝卜加大棒”软硬兼施之两手策略，被努尔哈赤称为：“顺者以德服，逆者以兵临”。
皇太极继位后，继承了其父对蒙古诸部恩威并施的策略，他对此解释为“慑之以兵，怀之以德”。史载，皇太极即位后的次月，就以蒙古扎鲁特部“敗盟杀掠，私通于明”为罪名，派遣大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰（史称“三大贝勒”）等率军讨伐，击溃扎鲁特军、擒杀其首领，掠其人 、畜而还。皇太极以实际行动向蒙古各部表明了他的严正立场。
天启七年（1627年） 正月，皇太极得知林丹汗挥军攻掠喀尔喀蒙古部，立刻两次分别写信给喀尔喀诸部豪酋以分化争取，信中说：“我两部非若明人，夙为仇敌，岂以征战为善，而以太平岂不美乎？”欢迎或诱使他们前来归附。
崇祯元年（1628年）初， 喀喇沁、喀尔喀联军与察哈尔林丹汗的大军在土默特部赵城一带展开决战，双方激战好几回合，均伤亡惨重，相持不下。喀喇沁、喀尔喀诸部头领遂致书皇太极，邀他出兵夹击林丹汗。皇太极乘机与喀喇沁、喀尔喀等部“刑白马乌牛，誓告天地”——如同汉人的歃血为盟，满蒙双方结成了军事联盟。
当年9月，皇太极以蒙古各部盟主的身份，亲率满蒙联军西征察哈尔，一路势如破竹，一直打到大兴安岭，取得了初步胜利。在这一征战过程中 ，皇太极对蒙古各部颁布军令，加强了有效管理。
《清太宗实录》记载，崇祯五年（1632年），皇太极率八旗大军再征察哈尔，入漠南后与蒙古各部会师。皇太极为了加强羁縻 ，对蒙古诸部兵马“多寡不齐，迟速异矣”的情况，分别予以褒贬赏罚，蒙古诸豪酋“皆叩首领命”，进一步夯实了皇太极盟主的权威。随后，皇太极大摆筵席，给蒙古各部首领赏赐金银、鞍马、蟒袍、甲胄等，誓师出征。
满蒙联军大举来攻，察哈尔部被打得溃不成军，林丹汗望风而逃，弃本土西逃至青海，两年后在惶恐中病薨于青海打草滩。
崇祯六年（1633年），皇太极对蒙古各部颁发了“钦定法令”，使漠南蒙古诸部与后金（满清）的政令完全统一，从军事联盟关系变成了藩属关系。
野心勃勃、狂热好战的林丹汗薨逝后，察哈尔部的形势起了变化。皇太极审时度势，及时改变策略，把对察哈尔的策略由征讨变为招抚。崇祯七年（1634年），皇太极远征大同，截断了林丹汗之子额哲与明朝联络的道路，一举切断了察哈尔部投明之路。额哲走投无路，只得手捧蒙古历代传国玉玺投奔后金。皇太极大喜，派多尔衮率一万骑兵前往迎接率众来归的额哲。
皇太极重赏额哲及其麾下大小头领数百人，将次女许配给额哲为妻，并将林丹汗的孀妻、妾赐给济尔哈朗、豪格、阿巴泰为妻，构成了复杂的满蒙联姻关系。
漠南蒙古（内蒙）统一了，从此与满洲连为一体，蒙古历代传国玉玺正式授予皇太极，他成了蒙古合法的统治者。
崇祯八年（1635年），皇太极编蒙古八旗，共丁16953名，另编喀喇沁左右翼，土默特3旗，直接掌握了蒙古的丁户权。
接着，皇太极将”旗“的组织推行到整个蒙古地区，结合蒙古传统的“盟”的组织形式，创立了盟旗制。譬如漠南蒙古（内蒙古）49旗6盟。旗是军政合一的行政区划，以蒙古贵族为札萨克（旗长） ，划定各旗游牧地的疆界，不得随意越界驻牧，违者严惩（一般是斩首）。旗上设盟，盟长却不得干涉旗的内部事务。中央则设蒙古衙门，后改理藩院，统一管理蒙古各部。
从此，蒙古高原结束了元亡后长期混战分裂的局面，进入了安定发展时期。从此，蒙古被纳入后金版图，成为后金政权的重要组成部分。崇祯九年（1636年），蒙古各大首领积极参与劝进皇太极称帝，其16部49贝勒齐赴盛京（沈阳），共同拥戴皇太极继承蒙古可汗大统，尊奉他为博克达彻辰汗。
3年后，喀尔喀3部来朝，议定每年交纳“九白之贡”，确定了漠北蒙古（外蒙古）与后金的臣属关系。至此，外蒙也划入满清的版图。困扰明朝270多年的蒙古寇边难题，被皇太极用“慑之以兵，怀之以德”的策略三下五除二就给解决了，后金西部的安全隐患也被彻底消弭。从此，满蒙一体，共伐大明。《清史稿》载，皇太极在祭祀努尔哈赤时激动而欣慰地说：“臣自受命以来，夙夜忧勤，惟恐不能仰承先志之重，凡八年于兹矣。幸蒙天地鉴，臣与管八旗子孙等，一德同心，眷顾默佑，复仗皇考积累之业，威灵所至。臣于诸国，慑之以兵，怀之以德，四境敌国，归附甚众。谨述数年来，行师奏凯之事，奉慰神灵。乃者，朝鲜素未输诚，今已称弟纳贡。喀尔喀五部，举国来归。喀喇沁、土默特，以及阿禄诸部落，无不臣服。察哈尔兄弟，其先归附者半。后察哈尔汗携其余众，避我西奔，未至汤古忒部落，殂于西喇卫古尔部落打草滩地。其执政大臣，率所属尽来归附。今为敌者，惟有明国耳。臣躬承皇考素志，踵而行之，抚柔震叠，大畏小怀。未成之业，俱已就绪。伏冀神灵，始终默佑，式廓疆圉，以成大业。语不尽意，曷胜感怆，上告。”
