膜体系酵母双杂交载体选择攻略
膜体系酵母双杂选择载体是根据诱饵蛋白质定位的不同来选择,有利于互作蛋白相连的泛素NubG和Cub-LexA-VP16相互作用,被UBPs识别,从而启动下游报告基因表达。那么膜体系有哪些载体?具体要如何选择?下面小正给您支支招。
1、膜体系有哪些诱饵载体?
膜体系酵母双杂交有三种诱饵载体,分别如下:
pBT3-N
pBT3-SUC
pBT3-STE
2、如何选择载体?
根据蛋白结构域的不同,选择的载体有所区别,下表中我们总结了不同情况下适合选择的载体。
那么怎么预测蛋白的结构域呢?具体预测流程如下:
1、CDS序列翻译为氨基酸序列
https://www.novopro.cn/tools/translate.html
2、蛋白跨膜结构域预测
https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0
3、蛋白信号肽预测
https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0
4、蛋白结构域预测
http://smart.embl-heidelberg.de/
三、膜体系筛库交付标准?
什么样的膜体系筛库结果是合格的呢?小正带您直观体验膜体系筛库的交付金标准,以使用pBT3-STE筛选膜体系文库为例,共计七大步骤和七大结论。
1、诱饵载体构建
结论1:通过一代测序比对载体是否正确。
2、诱饵载体功能验证
结论2:构建的诱饵载体是否存在移码突变,泛素特异性蛋白酶系统功能是否可以正常发挥功能,是否进行后续筛选实验。结果显示可以进行后续筛选试验。
3、自激活及毒性检测
结论3:诱饵载体pBT3-STE-XXX是否存在自激活,是否可以后续筛选实验。结果显示可以进行后续筛选试验。
4、酵母文库初筛
结论4:通过初筛共筛选到多少个单克隆。
5、对初筛结果进行复筛
结论5:通过复筛共筛选到多少个阳性克隆。
6、回转验证
结论6:对酵母阳性克隆质粒进行回转验证,确定有多少个真阳性基因。
7、点板验证
结论7:(可依据文章需求,进行个性化展示)确定是否跟回转验证结果一致。