R包入门

学习入口

镜像设置（必备）

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

安装

install.packages(“X”)或者BiocManager::install(“X”)具体是哪个安装方式可以从谷歌搜索

运行

library(包)

dplyr五个基础函数

1. mutate(),新增列
   mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
2. select(),按列筛选
   select(test,1)等等
3. filter()筛选行
   filter(test, Species == "setosa")等等
4. arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5. summarise()：汇总
   summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差
   group_by(test, Species)
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差

dplyr两个技能

1. 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
2. count统计某列的unique值

dplyr处理关系数据

options(stringsAsFactors = F)

test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'), 
                    z = c("A","B","C",'D'),
                    stringsAsFactors = F)
test1

##   x z
## 1 b A
## 2 e B
## 3 f C
## 4 x D

test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), 
                    y = c(1,2,3,4,5,6),
                    stringsAsFactors = F)
test2 

##   x y
## 1 a 1
## 2 b 2
## 3 c 3
## 4 d 4
## 5 e 5
## 6 f 6

1.inner_join(test1, test2, by = "x") test1, test2,取交集，以x为准
2.left_join(test1, test2, by = 'x') 左连，以test1中x为准
3.full_join( test1, test2, by = 'x') 全连接

4. semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x') 半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录
5. anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') 反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录
   6.bind_rows(test1, test2) 简单行合并

感谢微信公众号生信星球