首先下载一个数据库,hmm格式的数据库先要格式化(press)建立索引:
hmmpress hmmdb
然后就会产生.h3f, h3i, h3m, h3p等后缀的索引文件.
然后再使用以下的指令:
hmmscan --domtblout output hmmdb test.faa
生成output文件,格式就是domtblout的格式,接着再用Dr.Yin 写的parse工具来筛选需要的东西.
bash hmmscan-parser.sh output output-parse.txt
生成output-parse.txt就可以了.
