中平五年（188年）十一月，凉州叛军再次攻入右扶风（今陕西长安县西），围攻陈仓县城（今陕西宝鸡市）。
东汉朝廷拜皇甫嵩为左将军，董卓为前将军，拜为副帅，各率两万人救援陈仓。
董卓向皇甫嵩提议说：“聪明的人善于抓住机会，勇敢的人绝不迟疑。我们应该急速进军，以解陈仓之围。如不及时救援，叛军就攻破陈仓了。”
皇甫嵩不听，说：“你这话就不对了。百战百胜，不如不战而屈人之兵。陈仓县城虽小，但防备坚固，凉州叛军必然无法攻克。我军只要按兵不动，以逸待劳，即可不战而胜。”
到了中平六年（189年）二月，凉州叛军围攻陈仓县城八十余日，已是疲敝之师，被迫撤退。
皇甫嵩下令追击。
董卓劝阻说：“穷寇勿追，归众勿迫。王国主动撤退，如果我们追击，激得他困兽犹斗，狗急跳墙，恐怕得不偿失。”
皇甫嵩则认为：“叛军已是疲惫不堪，早已丧失斗志，可不是什么归众、穷寇。”让董卓负责殿后，自己率军追击。
董卓想起以前张温不听自己建议，被叛军所败，心中冷笑一声，抱着幸灾乐祸的心情，站在一边准备看热闹。
却不想皇甫嵩连战连胜，斩首万余级。
董卓是个容易记仇的人，皇甫嵩屡不采纳自己的建议，笑话没看成，反让他立了战功，从此对他心怀忌恨。
叛军首领王国趁乱逃走，不久被韩遂等人废黜，转而劫持原信都令、凉州名士阎忠，拥立他统率各部，但阎忠耻于被众人胁迫，气愤发病死去。
韩遂等人争权夺利，自相残杀，各路兵马也都分崩瓦解，势力逐渐衰弱。
转战西凉的岁月，董卓“数讨羌胡，前后百余战”，在血与火的洗礼中，不断招兵买马，扩充军力，逐步掌握了一支嗜血善战的铁骑，加之他善于笼络人心，培植了不少死忠的将士，终于在凉州崛起。
汉灵帝病重，对势力逐渐壮大、手握重兵的董卓开始不放心起来。先是征董卓为少府，位列九卿之一，掌宫中御衣、宝货、珍膳等，为皇室管理私财和生活事务。
董卓却嫌九卿的地位不够高，不肯来洛阳就职，上书推辞，说：“我属下的湟中义从、匈奴士兵听说朝廷征召，都来苦求我不要抛弃他们，说是粮饷不齐，朝廷颁发的东西也都断绝，老婆孩子挨饿受冻，拦住不让我走。这些狼心狗肺之徒，可不是易与之辈，我也没有办法，只好斗胆违背旨意，顺着他们的意思，留下来安抚他们。有什么情况再报告。”
东汉朝廷对董卓管辖不住，汉灵帝又下诏，改拜董卓为并州牧。
这是全国第四个州牧，其他三个都是刘焉等皇亲国戚担任，地位崇高，显得朝廷对董卓十分的器重，其实是想趁机剥夺他的兵权，让他将下属军队交给皇甫嵩统属。
董卓自然知道个中厉害，军队可是他扩张势力、抢占地盘的本钱，绝对不能失去。
他接受了任命，却拒不交出军队，上书辩解说：“我掌兵十年，和士兵们相依为命，似如亲人，实在不忍分离。乞求皇上允许，让我带着这帮士兵去并州，为皇上守卫边陲。”
皇甫嵩的侄子、谒者仆射皇甫郦此时恰好在军中，劝皇甫嵩说：“现在时局不稳，天下纷乱，有能力安邦定国的，放眼整个朝廷，就只有你和董卓两个人。但你们已结下仇怨。这次董卓接受任命，却不愿交出兵权，还上书请奏，是为抗命。又以京师昏乱为借口，迟迟不肯动身，观望局势，明显怀有奸心。而且此人残忍凶戾，其属下并不见得听他的。将军你是元帅，身负皇命，借机把他杀了，既显忠义，又除去一大祸害，实在是大功一件啊。”
皇甫嵩说：“《春秋左氏传》曰：‘禀命则不威，专命则不孝’。董卓违抗上命，虽说有罪，但我如果擅自将他杀了，也是罪责难逃。不如这样，我把情况向皇上汇报，请朝廷裁决吧。”于是将董卓不肯交出兵权的事上奏朝廷。
汉灵帝下诏责备董卓，董卓对皇甫嵩更加怨恨。
最终，董卓带了五千人向并州出发，但走到河东郡就不走了，停在那里观望洛阳局势，待机而动。
盖勋听闻此事，知道董卓是在观望洛阳局势，意图不轨，便下令防备董卓。
