使用场景
假设有一个 fasta 格式的序列文件 SRR9620252.faa ，我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中，我们拥有这些序列的 id （假设这些 id 存放在文件 ids.txt 中）。
常规操作的话，可以复制 id，在 fasta 文件中打开搜索，粘贴 id，点击查找，复制找到的序列，粘贴到新的文件中（假设为 Seqout.fasta ）。假如你只找一条序列，1 min 之内可以完成，假如你要找 100 条序列，1 h 可能没了。而用 PGCGAP 可以在 1 min 之内完成，剩下的 59 min 可以喝喝茶。
使用方法
PGCGAP 安装
参考官网: https://liaochenlanruo.fun/pgcgap/，需要版本v1.0.35及以上。
开始提取
在终端里打开 PGCGAP 的 conda 安装环境，并运行如下命令：
# ids.txt中含有要提取序列的id，可以是一列或者多列，如果为多列，需要用空格或者制表符来分隔列与列，id本身是不能带空格的。
pgcgap --ACC --id2seq --ids ids.txt --seqin SRR9620252.faa --seqout Seqout.fasta
提取的文件保存在 Seqout.fasta 中。
引用
Liu H, Xin B, Zheng J, Zhong H, Yu Y, Peng D, Sun M. Build a bioinformatics analysis platform and apply it to routine analysis of microbial genomics and comparative genomics. Protocol exchange, 2022. DOI: 10.21203/rs.2.21224/v6
示例获取
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