我在github上获得的htslib安装包无法成功安装:
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib
autoreconf -i
git submodule update --init --recursive
./configure
make
make install
问题主要出在了git submodule update --init --recursive,看了很多网络上的教程,还是没能成功。
https://www.freesion.com/article/48851178366/ #GIT SUBMODULE UPDATE --INIT --RECURSIVE 无法执行
https://www.cnblogs.com/jianyingzhou/p/8944463.html #git submodule update --init --recursive
https://blog.csdn.net/zz2230633069/article/details/81266189 #git submodule update --init --recursive
https://www.cnblogs.com/marklove/p/9733726.html #github 提交第三方模块流程
懒得弄了
安装了一个旧版本:htslib-1.10.2
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2
tar -jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2
cd htslib-1.10.2
./configure #配置生成Makefile
make -j 12 #12线程
make install
如果检查版本信息出现下方情况说明成功了:
bgzip --version
htsfile --version
tabix --version
bgzip (htslib) 1.10.2
htsfile (htslib) 1.10.2
tabix (htslib) 1.10.2