磨刀不误砍柴功之合并相同样本的bam文件

参考自：https://www.jianshu.com/p/97defd9adf18
https://blog.csdn.net/weixin_31956641/article/details/116553743

第一步，将相同样本名字和对应的SRR编号放在一起(excel直接复制)

vi sample.txt

a  srr1

a  srr2

b  srr3

b  srr4

b  srr5

第二步修改SRR数据文件名

for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do echo ${i};mv ${i##*_}.sort.bam ${i}.sort.bam;done

第三步使用samtools批量合并bam

for i in `cat sample.txt|cut -f1|sort|uniq`;do echo ${i};samtools merge he/${i}.bam ${i}_*.sort.bam ;done