R可以对任何数据都可以可视化,简简单单的就可以画一大堆的图。
plot,boxplot,barplot,pie,hist,pair,它们每个绘图函数都有自己要求的输入数据,特定的可视化结果,请务必在还没熟练使用之前help一下它们,自己主动查看它们好玩的地方,好好自学。
dev.new()新建画板
plot()绘制点线图,条形图,散点图.
barplot( ) 绘制条形图
dotchart( ) 绘制点图
pie( )绘制饼图.
pair( )绘制散点图阵
boxplot( )绘制箱线图
hist( )绘制直方图
scatterplot3D( )绘制3D散点图.
低级绘图函数:
par() 可以添加很多参数来修改图形
title( ) 添加标题
axis( ) 调整刻度
rug( ) 添加轴密度
grid( ) 添加网格线
abline( ) 添加直线
lines( ) 添加曲线
text( ) 添加标签
legend() 添加图例
#绘图参数:坐标轴、图例,颜色,性状,大小,空白,布局等。这些才是高级绘图的关键,也非常繁琐,想掌握,花费的时间会非常多
一、基础篇
R可视化参考生信技能树的Jimmy的博客生信技能树论坛basic visualization for expression matrix
结合Jimmy大神的B站视频(P24)生信人应该这样学R语言
也可以参考本人的简书Day7-R语言-basic visualization for expression matrix-2019-06-16
二、进阶篇
如何通过Google来使用ggplot2可视化 (上)
用Google搜索来使用ggplot2做可视化 (下)
三、高阶篇
高级可视化绘图可以参考Combining gene mutation with gene expression data improves outcome prediction in myelodysplastic syndromes文章的补充材料Supplementary information里面或者从作者的github里获得。但是对大部分人来说,生信的绘图,都是有套路的,其实都被别人包装成函数了,做好数据,一个函数就出了所有复杂的图。比如热图,cluster等等。