序列导入到Mega软件

1）打开Mega软件，界面如下

2）导入需要构建系统发育树的目的序列

点击OK

选择分析序列类型

创建新的数据文件

选择序列类型

导入序列

导入序列成功

3）序列比对分析

点击工具栏中“W”工具，进行比对分析

比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基

4）系统发育分析

关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称

构建系统进化树

激活多序列比对文件

1）NJ法

点击compute

NJ法构建的系统发育树

保存图像

2）MP法

MP法构建的系统发育树

3）ML法

ML法构建的系统发育树

4）BI法

1.将MrModeltest2.3文件夹下“MrModelblock”文件种所有内容复制粘贴到.nex序列文件末端(t1r1_aligned_mrmodelblock.nex)；

2.双击打开win-paup4b10.exe程序（注意，不是win-paup4b4a.exe ），打开上一步生成的文件，此步完成时会生成mrmodel.scores文件（位于输入序列文件的目录下），将其拷贝到mrmodeltest2.exe程序目录下；

3.cmd ; d: ; cd ……\MrModeltest2.3\bin\win

使用上面命令进入mrmodeltest2.exe程序所在目录，输入以下 命令检测最佳模型，输出结果到mrmodel.out文件中：

mrmodeltest2 <mrmodel.scores> mrmodel.out

将上一步修改好的内容复制粘贴进原始的.nex序列文件末尾，保存，删除symbols=“ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ”行，然后将其拷贝至mrbayes-3.1.1.exe程序所在目录中，此处例子为t1r1_aligned_mb.nex ；

双击程序，键入命令：

exe t1r1_aligned_mb.nex

这一步遇到问题，双击mrbayes_x64显示

回车开始运行，等结果收敛（average standard deviation of split frequencies <= 0.01）即可结束运算，得到最佳系统发育树。

使用FigTree 打开mb_t1r.con文件。

BI