序列导入到Mega软件
1）打开Mega软件，界面如下
2）导入需要构建系统发育树的目的序列
点击OK
选择分析序列类型
创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功
3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析
比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基
4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
构建系统进化树
激活多序列比对文件
1）NJ法
点击compute
NJ法构建的系统发育树
保存图像
2）MP法
MP法构建的系统发育树
3）ML法
ML法构建的系统发育树
4）BI法
1.将MrModeltest2.3文件夹下“MrModelblock”文件种所有内容复制粘贴到.nex序列文件末端(t1r1_aligned_mrmodelblock.nex)；
2.双击打开win-paup4b10.exe程序（注意，不是win-paup4b4a.exe ），打开上一步生成的文件，此步完成时会生成mrmodel.scores文件（位于输入序列文件的目录下），将其拷贝到mrmodeltest2.exe程序目录下；
3.cmd ; d: ; cd ……\MrModeltest2.3\bin\win
使用上面命令进入mrmodeltest2.exe程序所在目录，输入以下 命令检测最佳模型，输出结果到mrmodel.out文件中：
mrmodeltest2 <mrmodel.scores> mrmodel.out
将上一步修改好的内容复制粘贴进原始的.nex序列文件末尾，保存，删除symbols=“ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ”行，然后将其拷贝至mrbayes-3.1.1.exe程序所在目录中，此处例子为t1r1_aligned_mb.nex ；
双击程序，键入命令：
exe t1r1_aligned_mb.nex
这一步遇到问题，双击mrbayes_x64显示
经过查找发现这种问题是没有安装vcredist导致的。故需要通过网址https://www.microsoft.com/zh-CN/download/details.aspx?id=40784下载安装
安装后双击即可打开
回车开始运行，等结果收敛（average standard deviation of split frequencies <= 0.01）即可结束运算，得到最佳系统发育树。
使用FigTree 打开mb_t1r.con文件。
BI
