系统发育分析之贝叶斯BI

构建系统发育树主要有四种方法：ML、NJ、MP和BI。

与ML和NJ相比，BI的方法效率更高，已有的研究结果显示,对于同一组数据的分析, 贝叶斯方法分析结果中的节点支持率高于其它算法中的相应结果。最大似然法（ML）被选择时候后最多，但是计算比较慢，如果序列属于远缘，选ML比较好；相比较而言NJ计算过程比较快。

一般系统发育分析都需要做两个及其以上的方法计算。这里简单记录一下如何用BI构建系统发育树。

1. 多序列比对（我一般选择MEGA-clustw)

2. 保守区检测（Gblock 0.91b_)

http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html （如果用的时候总是导不进去，可以直接以Fasta格式粘贴进去。这个运行时间有点久，不知道是不是电脑的原因）

3. 饱和度检测（DAMBE）如果序列饱和就不能建树，如果不饱和符合建树条件。

运行完结果后检查ISS<ISS.C，且p<0.05 说明不饱和可以建树。

DAMBE的使用方法：http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-716082.html 可以完全按照这个来，导入文件的时候最好选择FASTA格式的文件。

4. 核苷酸替代模型的选择【这一步很重要，再这个上面我花费了不少的时间。】

这里我用是 MrMTgui 。需要加载的其他插件还有PAUP、Modeltest（48种）和MrModeltest (24种)。PAUP 文件格式是NEX，可以用mega导出这种格式的文件。

打开 MrMTgui软件后，再下方path的位置选择各个插件的位置。比如PAUP 的console.exe文件，其他的插件也是这样。

图一

如果全都设置好以后，选择 RUA-PAUP, 选怎nex格式文件（有时候找不到文件，别忘了把文件类型改为ALL*）

会出现以下界面，这是在计算score文件，不要着急。计算完成后会提示是否运行下一步，选择否，点击Save Scores。文件名保存为 mrmodel.scores 文件【scores文件即可】。

图二

点击select files ，选择刚刚保存的.score 文件。点击MrModeltest 就开始运行了。结果有两部分文件hLRTs和AIC,下滑到AIC部分，然后找到贝叶斯部分，这个时候就已经得到了最好的模型。将从begin到end这部分程序，复制保存。

图三

到这里做完了前期所有的工作，开始了真正的进行BI分析。MrBays 准备好，这是不需要安装的软件，直接打开其.exe文件，可以直接使用。将已原来已经复制的几行执行程序粘贴到你的序列文件种，http://www.360doc.com/content/17/1002/18/45962007_691819677.shtml 【连接包括参数的各种意义。】

BEGIN mrbayes;

lset nst=6 rates=propinv Code=Metmt（如果程序是线粒体）;

Prset statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1);

mcmc ngen=300000（代） printfreq=1000 samplefreq=100;

sump;

sumt;

END;

设置好各项参数之后，就可以打开软件，输入exe 文件名.nex 运行了。

最后可以用figtree打开 文件名.nex.con.tre 文件，编辑树。

ps：贝叶斯的nex和paup要求的有点不一样可以用，ALTER http://www.sing-group.org/ALTER/ 转换格式

图四

系统发育分析之贝叶斯BI

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