问题描述

近期在使用clusterProfiler的GO/KEGG富集结果进行绘图时，注意到一些条目的描述过于长，需要增加图片的宽度才能看到中间bar/dot的信息。利用DOSE包中的数据进行如下展示

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
data(geneList, package = "DOSE")
de <- names(geneList)[1:100]
yy <- enrichGO(gene = de,
               OrgDb = org.Hs.eg.db,
               keyType = 'ENTREZID',
               ont = 'BP')
yy[1:10,c('Description','GeneRatio','p.adjust')]
barplot(yy, showCategory = 10)

左侧注释信息太长导致中间bar的部分被压缩得难以比较，zoom虽然可以解决这个问题，但我还是希望有一个方法可以调整左侧字符，使得中间bar的部分在整张图内的占比更为合理。

解决方案

因此，在网上搜索到的解决字符太长的方法如下：

barplot(yy, showCategory = 10) + scale_y_discrete(labels = function(x) str_wrap(x, width = 35))

可以使用str_wrap()函数调整每行字符的长度。

同样，dotplot也可以作如上的调整

dotplot(yy, showCategory = 10) + scale_y_discrete(labels = function(x) str_wrap(x, width = 35))

可能以后会有一个专栏收集和记录一些日常使用R时的问题和解决方案

Ref:
https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/213

完。