目前我国， MES企业管理系统 整体应用的效果并不理想，最大的问题是应用成功率低。中小型企业管理信息化步伐和中小型企业的在经济生活中承担的重要作用不相匹配，造成中小企业实施MES系统困难重重，表现在三方面。
(一)企业高速成长与管理落后的矛盾日益突出
中小企业处于快速成长过程，业务流程变化较快，成长过程中管理落后的矛盾日益突出。特别是一些进入成长期的企业己经有了稳定的产品、项目，原有的管理模式不适应企业内外环境的变化，企业迫切需要借助信息化手段在企业内部形成更为规范的决策、执行与监督制衡的治理结构，以更为有效地推动企业快速、高效发展。
管理上流程不够清晰，企业希望借助某种方式进一步完善企业的治理机制，为企业的进一步发展打下良好的基础，但由于受传统和落后思想的影响，在接受新的管理思想方面会受到很大的阻力。
(二)资金短缺、生产系统运行不规范、生产过程不稳定。导致MES系统无法正常运行
如果中小企业在信息化过程中难以保证连续投入大量资金，则在实施MES过程中，很可能因资金问题而失败。MES系统运行的基础是具有准确和完整的基础数据，MES正常运行有赖于生产稳定运行及信息流畅传递。然而，根据相关调查结果表明，大部分中小企业都存在基础数据不能满足要求，且生产过程经常由于质量事故，使得整个生产过程经常无法按预定计划运行，处于不可控制的状态，致使MES系统无法正常运行。
(三)信息化建设缺乏统一的规划，IT专业人才匮乏
中小型企业信息化建设水平普遍较低，IT观念淡漠，在人才招聘中往往缺乏既懂IrI又懂管理的专业人才。由于专业的复合性人才短缺，进行企业信息化管理认识不明确，且缺少企业发展规划。
