本次使用bcftools call SNP

cd ~/SC/zaohong
source /gss1/env/bwa_v0.7.17.env
bwa index ref.fasta
samtools faidx ref.fasta
source /gss1/env/picard.env
#数据质控
cd ~/SC/data
source /gss1/env/fastqc.env
mkdir zaohong_qc
fastqc zaohong_1.fq.gz zaohong_2.fq.gz -o zaohong_qc
#质量还行，就不过滤了
#比对
cd ~/SC/zaohong
bwa mem  ref.fasta ../data/zaohong_1.fq.gz ../data/zaohong_2.fq.gz | samtools view -Sb - > zaohong.Sf.bam
source /gss1/env/samtools-1.11.env 
samtools sort zaohong.Sf.bam -o zaohong.Sf.sort.bam
#查看比对情况
samtools index zaohong.Sf.sort.bam > zaohong.Sf.sort.bam.bai
samtools tview zaohong.Sf.sort.bam --reference ../ref/Sf/Prunus_mume_Kensaki_Sf-RNase.fasta #键盘左右键可滑动窗口
#
samtools flagstat zaohong.Sf.sort.bam > zaohong.Sf.sort.bam.flagstat
#call SNP
source /gss1/env/bcftool.env
bcftools mpileup -Ou  -f ref.fasta zaohong.Sf.sort.bam | bcftools call  -mv -o zaohong.Sf.vcf.gz

按以上流程跑完后，vcf文件没有call 出任何SNP。

bcftools mpileup -Ou  -A -f ../ref/Sf/Prunus_mume_Kensaki_Sf-RNase.fasta zaohong.Sf.sort.bam | bcftools call  -mv -o zaohong.Sf.vcf.gz

bcftools mpileup 中添加 -A参数后，可以call 出SNP，可能是我的ref.fasta是一个基因，所以添加 -A 参数后就出结果了