conda的安装和配置

1.conda简介

conda是一种能快捷安装其他软件的软件，一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用微笑.jpg），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda

2.下载与安装

下载地址：miniconda官网：https://conda.io/miniconda.html
也可以使用wget直接下载

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 这个是linux版，latest-Linux表示会自动选择目前的最新版下载，也可以去官网找到之前的旧版下载

下载之后就可以进行安装了

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

一路enter键，最后输入yes后会让你选择一个安装文件夹，可以直接enter选择默认路径或选择你想安装的路径

image.png

注意，conda直接安装可能会污染原来的环境，把你原来设置好的东西进行更改。所有使用conda安装软件一定要记得使用conda create命令在conda的虚拟环境中安装软件，这样就可以跟原来的环境独立开来。
安装完之输入 conda --version可以检查是否安装成功，成功了的话会显示目前conda的版本

conda --version
conda 4.10.3 #这是我这里目前的版本

3.环境配置

conda安装之后需要添加channel之后才能使用，官方channel可以使用以下命令安装

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

但是官方channel在国外，可能网速会比较慢，可以使用国内的几个镜像管道。

#下面为清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
# 下面为北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

更多镜像可以参考👉: https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/ 里面有详细的指导
目前国内提供conda镜像的大学

清华大学: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
北京外国语大学: https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/
南京邮电大学: https://mirrors.njupt.edu.cn/
南京大学: http://mirrors.nju.edu.cn/
重庆邮电大学: http://mirror.cqupt.edu.cn/
上海交通大学: https://mirror.sjtu.edu.cn/
哈尔滨工业大学: http://mirrors.hit.edu.cn/#/home

查看已经添加的channels

conda config --get channels

也可以到根目录的 .condarc 文件中查看

les ~/.condarc

image.png

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