所有资料来源于生信技能树
-
图表
image.png
#1. 热图
image.png
上调基因和下调基因是针对处理组而言。
下调基因-处理组比对照组表达量低的基因
2.散点图和箱线图
散点图和箱线图
散点图——强调个体之间的关系
箱线图——强化组与组之间的关系
image.png
理解箱线图的离群值
箱线图越短说明数据越集中
越长说明数据越离散
箱线图和点图适用于差异基因少的情况下使用。
3.火山图
image.png
FC和logFC
image.png
logFC是以2为底数，
image.png
logFC一般取1，1.2，1.5，1.75
4.主成分分析
image.png
image.png
点点代表样本，
点和点的距离代表两个样本的差异大小
大的点代表分组在坐标系中的中心位置，不代表样本
坐标系中dim和括号中的数据没有意义，不代表啥
典型PCA
左上图：组间差别大于组内差别。（为什么？）
左下图：
右侧图：组间差别小于组内差别
生信技能树公众号上“一文看懂主成分分析”
还是有点懵~~~~~~~
-
GEO背景知识+表达芯片分析思路
1.表达数据的实验设计
image.png
2.数据库介绍
GEO
GEO组织层次
GSM/GSE/GPL
image.png
基因表达芯片
探针是一组短的核苷酸序列，能与目的基因的一段序列杂交。
3.表达矩阵
表达矩阵的行名就是探针ID
列名是样本编号
image.png
要做的工作时把探针ID转换为Gene Symbol
把GSM样本分组
image.png
3.差异分析
image.png
image.png
探针注释
自主注释
差异分析的可视化
差异分析的可视化就是火山图和热图
数据挖掘的本质就是缩小基因的范围~Jimmy
谁能从你邋遢的外表看到你美丽的内心呢？~花花
有本书叫《JYXPXXX》，经我坚定没啥用。
数量太少，你引用个毛线球？
