商代的统治者为了巩固自己的统治，大肆宣扬“天命观”，使科学和迷信在统治者的作用下不可思议地结合到了一起。
尽管中国早在远古时代就已经开始研究历法，但是在古代农业技术并不像现代社会这么发达，依靠的都是天时地利。可是自然界的奥妙无穷无尽，使得古代先民相信这一切都是和冥冥之中的超自然力量联系在一起的。也因此人们在农业生产中的占卜和祭祀过程中不断观察其中的规律，慢慢地总结出一套相对科学的天文历法。
早在夏代就已经有了非常出名的夏历，而商代则出现了专门研究天文历法的官职，他们根据占卜祭祀和过往的知识进行整理，形成了一套神学和科学杂糅在一起的系统。
商代使用的是干支纪日，数字纪月；月有大、小之分，大月30日、小月29日。天干纪日在夏代就已经出现，即用甲乙丙丁戊己庚辛壬癸十个天干周而复始地来纪日，从而产生一旬的概念。到了商代，人们进而把天干同子丑寅卯辰巳午未申酉戌亥十二地支相配合，组成六十天干地支。用干支纪日，六十日一个循环，正好两个月。在商代末期，天文历法更加进步，出现了春分、夏至、秋分、冬至四个节气的划分。
甲骨文上还保留了很多商代记录日食、月食的记载，而对于日月的变化人们也将科学与神话糅合在了一起。商代人认为太阳和月亮的变化都与人类的生活息息相关，而日食、月食则预兆人世间将发生灾祸。每次发生日食或月食，人们总是奔走呼喊，击鼓祭祀祈祷，用来“驱赶”凶险。除了对于太阳和月亮的观察以外，商代人也观测天空中的星星。在他们看来，星星和太阳和月亮一样是神，具有主宰天地的能力。
在《尚书》中，就记载着很多商代人认为一些星象的出现预示风雨的来临。在统治者看来，同样具备神性的星星也可以影响人间的事物，保佑商王的行为。在甲骨文中同样记载为了保佑平安商王祭祀火星的事件。
这些成果尽管都是在超自然的神秘力量支配下创造出的副产品，但是能够将这些活动总结成具有一定科学依据的知识，证明商代人对于为自己生活服务已经有了一定规律性的认识，而这些知识，都成为了人类社会前进的必要推进力。
与古代人类相伴相生的除了吃饱饭，剩下的就是少生病了。远古人类把疾病产生的原因，直接归结于得罪了超自然力量受到的惩罚。商代这种思想依然存在，所以商代人生病的时候，往往首先想到的是病人冒犯了某种超自然力量，想要病人恢复健康最好的办法就是请巫师为病人赎罪，消除病人的病痛，这一手段在中医中沿袭了很久——即非常出名的祝由术。
巫师本就是当时社会中的精英，他们具备比其他群众更加丰富的知识，也通晓医理，在实施巫术的同时当然也要加上其他手段配合治疗，也慢慢总结出了一套具备科学理论的医学系统。
考古人员在殷墟中发现了大批不能食用，但是可以药用的植物种子，这些就是商代人种植的药物。这些药物分门别类成批出土，正表明药物治病，是商代人治病救人的重要手段之一。
商代不仅有药物治疗，还掌握了简单的针灸、按摩等治疗方法。商代人一般用针刺的方法治疗身上某个部位的酸胀。而按摩作为一种古老的医疗手法，在商代就已经出现，甲骨卜辞中就有为商王按摩的记载。
商代人对于疾病的认识，已经达到了相当高的水平，当时的巫师不仅能识别疾病，还能对它们进行详细的划分。甲骨文中记载商代已经有了内科、外科、脑病、眼病、耳鼻喉病、牙病、泌尿病、小二病、传染病等不同类型的病症。这些疾病诊断资料在中国医学发展史上都很有意义，都是有关疾病的最早记录。
这些由于畏惧自然诞生在祭祀占卜中的科学技术，混杂在神学中一步步进化，最终被剥离出来成为了中华民族科学知识的珍宝。
