在基因家族分析和候选基因的确定过程中，我们都会遇到需要查看promoter区域顺式作用元件的时候。所以今天就给大家分享一下，什么对启动子进行分析和结果的展示

1、提取基因promoter区域

一般提取基因上游1000~2000bp作为基因的promoter区域进行预测

#提取目标基因的gff文件

grep -f genes.id  genome.gff3 > genes.gff3

#gff3文件格式转gtf格式

gffread -T -o  genes.gtf  genes.gff3

#提取基因上游上游序列

seqkit subseq --gtf genes.gtf \

    --feature transcript \ #提取transcript上游

    --up-stream 2000 \#提取长度

    --id-ncbi \ #输出格式

    --only-flank\ #不包括feature本身序列

    --gtf-tag transcript_id \ #输出结果添加转录本id

    genome.fasta > genes.upstream.fasta

2、对提取的promoter序列在在线网站plantCARE中进行预测

plantCARE:https://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

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将 genes.upstream.fasta提交至网站，等待后从邮箱下载结果

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一个名为plantCARE_output_PlantCARE_******.tab的文件为结果文件，也是后续我们要处理，并进行展示的文件。