TCGA数据挖掘系列之一:搞懂编码规则

TCGA编码

TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01,TCGA命名每个字段的意义,如下:

Project-TSS-Participant-Sample&Vial-Portion&Analyte-Plate-Center

TCGA:Project, 所有TCGA样本名均以这个开头,标志

A6:Tissue source site,组织来源编码,如A6就表示来源于Christiana Healthcare中心的结肠癌组织。更多编码所代表的意义详见:https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codes

6650:Participant, 参与者编号


01:Sample, 这两个数字可以说是最关键、最被大家注意的,其中编号01~09表示肿瘤,10~19表示正常对照,如下:https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes

所以在TCGA样本名中,这个位置最常见的就是01和11,当然偶尔也会有其他的数字


A:Vial, 在一系列患者组织中的顺序,绝大多数样本该位置编码都是A; 很少数的是B,表示福尔马林固定石蜡包埋组织,已被证明用于测序分析的效果不佳,所以不建议使用-01B的样本数据:

所以命名至此,已经可以开始用于区别不同的样本了,以下将是更细节的描述:

11:Portion, 同属于一个患者组织的不同部分的顺序编号,同一组织会分割为100-120mg的部分,分别使用

R:Analyte, 分析的分子类型,对应关系如下所示:https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/portion-analyte-codes

1774:Plate, 在一系列96孔板中的顺序,值大表示制板越晚

07:Center, 测序或鉴定中心编码,更多编码详见:https://tcga-data.nci.nih.gov/datareports/codeTablesReport.htm?codeTable=center

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图2 部分主要代码简称的意义

对于有多次检测的测序样本,如何筛选呢?请看下面这个例子:

图3 重复检测样本的选择示例

参考资料:

1. TCGA 概述及 Barcode 详解 - 知乎 (zhihu.com)

2. TCGA样本命名详解_tcga命名规则-CSDN博客

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