基于cellchat互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）

之前微信群里小伙伴求助了一张图，是一篇NC中关于cellchat结果的展示图。特点是它的弦图不像一般图一样只展示互作数目，而是展示细胞受配体。原文提供了代码（包括文章其他部分，可以学习一下）。原文在做这个图的时候是比较繁琐的，我们参考原文提供的代码，进行了修改升级，完成了一个函数，能够轻松进行需要的可视化。选择celltype、设置相关颜色，并且区分了受配体！希望对你有用！

image.png

#参考文章：https://www.nature.com/articles/s41467-022-31797-0
#代码：https://github.com/OSU-BMBL/Spinal-cord-scRNAseq

首先看一下我们函数的参数：函数是可视化函数，基于您已经完成了cellchat全程分析得到的cellchat obj。这个函数可以自定义需要展示的细胞互作，也可指示受配体，以及设置相关分类的颜色。弦图是基于circlize包的，无法直接添加legend，所以是需要额外添加的。有两种选择方式，一种是呈现在图上，一种则是选择分别将legend保存为pdf，后期自行编辑组合！其实最后在AI中组合可能更好。

image.png

接下来我们演示一下效果：用到的数据时HD和MDA两个组的细胞通讯，我们选择展示三种细胞(Mon\Fib\ECs)之间的互作！

setwd('D:\\KS项目\\公众号文章\\复现NC之cellchat结果展示')
#test
plot_cellchat_LR(cellchat_obj = HD.cellchat,
                 celltype_inter = c('Mon',"Fibs","ECs"),
                 celltype_color = c('#FFE060'='Mon',
                                    '#FA8E24'="Fibs", 
                                    '#DA2828'="ECs"),
                 text_size=0.8,
                 Group="HD",
                 legend_in_plot=T)

image.png

plot_cellchat_LR(cellchat_obj = MDA.cellchat,
                 celltype_inter = c('Mon',"Fibs","ECs"),
                 celltype_color = c('#FFE060'='Mon',
                                             '#FA8E24'="Fibs", 
                                             '#DA2828'="ECs"),
                                             text_size=0.8,
                 Group="MDA",
                 legend_in_plot=T)

image.png

这样可以直观的看出，两组之间互作的差别，以及差别在哪里。
参考：
https://www.bilibili.com/video/BV1VZ421n7QS/?spm_id_from=333.999.0.0&vd_source=05b5479545ba945a8f5d7b2e7160ea34