一文教你快速完成多物种蛋白序列比对及进化树构建！
当我们研究一个蛋白时，探索其在不同物种间的保守性很关键。这不仅能帮助我们理解蛋白的功能和进化历史，还能为进一步实验设计提供线索，如保守性等。在本期文章中，我们将教你如何通过Uniprot网站，快速完成多物种蛋白序列比对和进化树构建。无需下载任何工具，全程在线完成，简单高效！✨
步骤一：打开Uniprot并检索目标蛋白
打开uniprot网站：https://www.uniprot.org/ 输入你的目标蛋白名称。例如，我们以 T2R41 为例。直接点击 Search 按钮开始检索。
步骤二：选择物种
Uniprot会返回多个物种中T2R41的蛋白序列信息。你可以看到人类、小鼠、大鼠、猩猩等多个物种的蛋白数据。
我们选择5种物种进行分析，如下图：
步骤三：进入Align工具
在Tools中选择Align工具并点击
进入比对界面后，Uniprot会自动填入你选择的5条蛋白序列。你可以检查是否全部正确，同时可以在序列名称前的>号后自定义名称，方便后续结果的展示更加直观。
确认无误后，点击 Align 5 sequences，进入比对任务提交。
步骤四：查看比对结果
任务完成后，会显示Completed，点击页面中的蓝色链接进入结果页面。
进入比对界面后，可以看到比对结果，比对结果页面非常直观，可以看到这几种物种间蛋白序列的保守性。某些氨基酸位点在所有物种中完全一致，这提示它们可能具有重要的功能作用。
步骤五：探索进化树和其他信息
除了序列比对结果外，Uniprot还提供了进化树、Percent Identity Matrix、运行参数等结果和信息：
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进化树：直观展示蛋白在不同物种间的进化关系。
图片.png
2.Percent Identity Matrix：显示物种间蛋白序列的相似性百分比，便于快速比较。
步骤六：下载比对结果
Uniprot支持将比对结果下载到本地，方便保存和后续分析。点击 Download 按钮，会弹出多种下载选项。
下载选项提供了多样的下载选项，可以下载FASTA比对结果序列。
小结
通过Uniprot网站，我们可以快速完成多物种蛋白序列比对，不仅能直观了解目标蛋白的保守性，还能获得进化树和相关分析信息。这种方法操作简便，特别适合希望快速获取比对结果的科研人员。
如果你对比对结果的美化和高质量呈现感兴趣，请持续关注我们。在下一期，我们将深入讲解如何使用专业工具调整序列比对结果，使其符合SCI文章发表的标准，敬请期待！
如果你觉得这篇文章对你的研究有帮助，欢迎点赞、分享，并在评论区留言你的研究心得！✨
