单细胞测序技术是近年最大的生命科学突破之一，相关文章频繁发表于各大顶级期刊，然而单细胞数据的分析依然是大家普遍面临的障碍。本专题将针对10X Genomics单细胞转录组数据演示各种主流分析，包括基于Seurat的基础分析、以及基于clusterProfiler、Monocle、*SingleR等R包的延伸分析。不足之处请大家批评指正
硬件配置
10X Genomics单细胞数据分析对电脑硬件配置要求比较高。上游分析软件Cell Ranger最低配置要求8核CPU+64G内存，推荐配置为16核CPU+128G内存，这显然不是个人电脑可以胜任的。下游分析使用R语言Seurat包时，10000个细胞的表达矩阵，8G内存的电脑就不能应付了。因此没有服务器的同学不用考虑上游分析，仅做下游分析最低也要16G内存的电脑。
R语言的安装
R语言安装程序官方下载链接：https://cran.r-project.org/
windows版本选择红色箭头所示链接
点击后进入以下界面，继续点击红色箭头所指链接
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注意：不要安装最新的R语言4.0版本，很多包还不提供支持！！！
点击后进入以下界面，继续点击红色箭头所指3.6.3版本
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安装文件下载后就是常规的windows程序安装过程了
Rtools的安装
Rtools的相当于R在windows中使用的一个补丁，我只在安装R包的时候遇到过rtools报错，其它时候没感觉到它的存在。官方解释如下：
Rtools provides a toolchain for Windows platform that work well with R. It mainly includes GNU make, GNU gcc, and other utilities commonly used on UNIX-ish platform. R statistical language & environment is that it is open source and cross-platform.
Rtools下载地址：
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/history.html
下载箭头所示版本安装即可，注意以下安装界面：
红框标注的两个选项一定都要选择，第一个选项默认是没打钩的。
RStudio的安装
Rstudio的下载链接：https://rstudio.com/products/rstudio/download/
选择红色箭头所示链接
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安装文件下载后就是常规的windows程序安装过程了
Rstudio界面下安装分析所用的R包
使用代码安装R包****
打开RStudio，同时按住键盘上Ctrl+Shift+H三个键，切换到工作目录，逐行运行以下命令：
install.packages("devtools", dependencies=T)
运行library(Seurat) 后会提示（只有首次运行会提示）安装minconda和python，如下图所示：
输入y继续。安装过程中360安全卫士会提示病毒风险，选择信任即可。
至此，分析环境搭建完成！
原文在单细胞转录组基础分析一：分析环境搭建
