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安装使用conda 即可
conda install whatshap
建议：使用pacbio/ONT 进行phase，Illumina 进行call SNP
简单使用
## illunima call SNP
# 使用gatk即可
## pacbio比对
minimap2 -t 20 -ax map-pb \
--secondary=no reference.fasta \
pacbio.subreads.fasta.gz |samtools view \
-bt reference.fasta.fai - |samtools sort \
-@ 20 -o pb.sorted.bam -
## phase
whatshap phase --ignore-read-groups \
-o out.phased.vcf \
--reference=reference.fasta \
--chromosome Chr01 \
TilluminaWGS.vcf \
pacbio.sorted.bam
## 获得phase.txt
grep -v '#' out.phased.vcf |grep PS|cut -f1,2,4,5,10 > .PC.phase.txt
如果样本没有头文件，则忽视不同的样本使用参数 --ignore-read-groups
