HPL参数优化

1. 实验平台KNL配置

Intel Xeon Phi Processor 7210 ( 16GB, 1.30 GHz, 64 core )
Processor name : Intel(R) Xeon Phi(TM) 7210
Packages (sockets) : 1
Cores : 64
Processors (CPUs) : 256
Cores per package : 64
Threads per core : 4

RAM: 96GB
MCDRAM: 16 GB

理论峰值
n 1641.332=2662.4 Gflops*

2. HPL.dat文件中需要优化的参数

HPLinpack benchmark input file
Innovative Computing Laboratory, University of Tennessee
HPL.out      output file name (if any)
6            device out (6=stdout,7=stderr,file)
1            # of problems sizes (N)
50000 100000 150000 200000  Ns
10            # of NBs
1 2 4 8 16 32 64 128 256 512     NBs
0            PMAP process mapping (0=Row-,1=Column-major)
1            # of process grids (P x Q)
1            Ps
1            Qs
16.0         threshold
3            # of panel fact
0 1 2        PFACTs (0=left, 1=Crout, 2=Right)
2            # of recursive stopping criterium
2 4          NBMINs (>= 1)
1            # of panels in recursion
2            NDIVs
3            # of recursive panel fact.
0 1 2        RFACTs (0=left, 1=Crout, 2=Right)
1            # of broadcast
0            BCASTs (0=1rg,1=1rM,2=2rg,3=2rM,4=Lng,5=LnM)
1            # of lookahead depth
0            DEPTHs (>=0)
2            SWAP (0=bin-exch,1=long,2=mix)
64           swapping threshold
0            L1 in (0=transposed,1=no-transposed) form
0            U  in (0=transposed,1=no-transposed) form
1            Equilibration (0=no,1=yes)
8            memory alignment in double (> 0)

需要优化的主要有N,NB,PxQ等

3. 根据内存情况,获取理论最优的N值

根据KNL的MCDRAM为16G,NN8=16G,得到N约为46000
从46000左右开始设置N值,进行测试。

  • log信息提取命令
awk -F: '/WR/' knl003_hpl.o31829 > 30000_128_8_8.log
  • 阶段性结果
N NB Ps Qs Result(Gflops)
30000 128 8 16 9.435e+02
30000 128 16 16 9.086e+01
30000 256 8 16 6.042e+02
35000 128 8 16 1.034e+03
35000 64 8 16 8.820e+02
35000 128 14 14 6.002e+02
35000 128 1 128 6.019e+02
35000 128 10 16 7.427e+02
35000 128 8 8 1.149e+03
35000 128 8 10 8.718e+02
39200 128 8 8 1.227e+03
39200 175 8 8 1.208e+03
41600 128 8 8 1.074e+03
32768 128 8 8 1.111e+03

更改运行脚本

#!/usr/bin/bash
 
 
#PBS -N knl003_hpl
#PBS -l nodes=1,walltime=01:00:00
 
cd /home/asc0146/haomeng/code/hpl/bin/Linux_Intel64/test1/
export KMP_AFFINITY=scatter,verbose
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
mpiexec -np 64 ./xhpl | tee HPL.out

进行实验

N NB Ps Qs Result(Gflops)
35000 128 8 8 效果很差
  • 参数选择指导
    参考Developer Guide for Intel.
    The most significant parameters in HPL.dat are P, Q, NB, and N. Specify them as follows:

    • P and Q - the number of rows and columns in the process grid, respectively.
      P*Q must be the number of MPI processes that HPL is using.
      Choose P ≤ Q.

    • NB - the block size of the data distribution.
      The table below shows recommended values of NB for different Intel® processors:


      KNL推荐配置
    • N - the problem size:
      For homogeneous runs, choose N divisible by NBLCM(P,Q), where LCM is the least common multiple of the two numbers.
      For heterogeneous runs, see Heterogeneous Support in the Inte;l Optimized MP LINPACK Benchmark for how to choose N.
      NOTE
      Increasing N usually increases performance, but the size of N is bounded by memory. In general, you can compute the memory required to store the matrix (which does not count internal buffers) as 8
      NN/(PQ) bytes, where N is the problem size and P and Q are the process grids in HPL.dat. A general rule of thumb is to choose a problem size that fills 80% of memory. When offloading to Intel Xeon Phi coprocessors, you may choose a problem size that fills 70% of memory, to leave room for additional buffers needed for offloading. Choose N and NB such that N > > NB.

  • 最新优化情况

    • 优化结果
N NB Ps Qs Result(Gflops)
3920 128 8 16 9.435e+02
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