String【https://string-db.org/】
2019.11.22 拿到有参转录组的数据，gene name 都是序列号，还不知道怎么用拿到的序列号，查阅到相关的基因名以及基因简写。所以将gene name 转入Srting还是个问题，并且我的参考基因组不是模式生物，不知道选用模式生物是否可以。我参考基因组生物是个四倍体，模式生物是个二倍体。
——有待解决。
2019.11.23 联系老师，沟通了一下对gene name的看法，gene description 可能就是gene name ，我发现很多不一样的序列号的gene description 是一样的，那么我需要检索一下序列号，看参考基因组描述的gene description 是否是一样的。看公司是否在注释上存在问题。String 只能选择是斑马鱼，因为在有限的条件下这是最好的选择。
联系完公司，结果是我可以不纠结gene name 了，公司可以帮我做出PPI的数据，我自己再用cytoscape作图。
cytoscape，是一款免费且是开源的软件，是做网络互作关系最好用的软件之一，有很多强大的功能。PPI 是其中之一。
此软件的下载安装需要java的环境，不能用可能是没有安装合适的java版本。
下载安装好之后，在菜单栏app store安装MCODE和centiScape 这两个小软件，用于后来对蛋白互作网络中，蛋白的筛选。
诚如我已经有蛋白互作的表格了，表格里有蛋白、靶蛋白和互作得分。互作得分是string利用各种因素计算互作关系，并加权后的结果。（意思是我也不是很清楚。）如何已经有这样一个excel或txt表格了，那么我们 file-import-network-file 出现如下界面：点击其中一个note protein的下拉箭头
score 选择的而是紫色的方向箭头。靶心是node2。
选择好蛋白、靶蛋白和相互关系的时候，会出现一个初始的蛋白互作网络图。如图三所示，这时就需要我们对蛋白互作中的蛋白进行筛选，1：去掉其中没有相互作用的蛋白。
长按shift+选中蛋白+delete。
接下来，我将按照图四简单的设置一下参数。
在style中选择第二排第三个和目标图最像的style。
在style的node里设置node的大小与degree有关，选择continus
如下图所示：
在style-edge，按照节点之间的相互关系设置，edag的颜色。min和max的颜色，分别设置成了红色和绿色。
最后，导出图。file - export as image - 输出PDF格式。 【因为这个是矢量图。】
当然到这里只是初步了解了一下cytoscape基础的参数设置，那么有几个问题：
1：我想要对连接超过20个以上的节点进行筛选，怎么做？
2：能把这个图分成几个subnetwork吗？
3：怎么加上图例？
http://www.360doc.com/content/17/1024/17/46316053_697765378.shtml【centiScape插件关键参数的解释。挺有用的。】
