申时行一心想当和事佬，在处理张居正历史遗留问题和京察之年的力主人事的稳定做法之后，他的声望一度达到巅峰。
然而与他相反的是，万历皇帝的消极怠工表明了他已经放弃了诚意，这使得申时行极为的不安，他只能等待，但最终等来的却是自己不得不辞职的局面。
这得从万历皇帝为何消极怠工开始，毕竟前面的万历皇帝可是要励精图治的。万历皇帝想废长立幼，但他的文官集团不能容许，这使得他的爱妃郑贵妃郁郁寡欢；另外一方面，张居正的事情让他明白了“阳奉阴违”的现实，于是，他摆出了不强迫臣僚接受他的主张，也不反对意见的态度来，这是对文官的报复，也可以看做是斗气。
这场皇帝和文官集团的斗气持续了三十几年，就算在十年后就被迫立储。而这场斗气的第一个牺牲品，就是申时行。文武百官劝阻万历立长为储的联名贴里，卧病在家而毫不知情的申时行仍然领衔，申时行知道此事之后密封一份揭帖，说明了他事先未闻此事；但这份揭帖却被二辅许国截获，从而在文官中传遍，以至于申时行变成了一个两面派的小人，他的威信全无，只能辞职回家。
这场斗气前前后后持续了三十几年，可见一般，也足以说明了文官集团看似是执行皇帝的旨意，其实也是左右皇帝的意思。所以这场斗气没有胜利者，只是时间的消磨造成了国家的日渐衰弱，也为日后的亡国埋下了伏笔。
