下载2.24.0 源包，修改R文件夹中 order_cell.R \ Beam.R
# order_cell.R
# 原来：
if(class(projection) != 'matrix')
# 直接注释掉或者删除 这行
# if(class(projection) != 'matrix')
# Beam.R
# 原来：
if (progenitor_method == "duplicate")
# 改为：
if ('duplicate' %in% progenitor_method)
# 原来：
else if (progenitor_method == "sequential_split") {。。。 }
# 改为：
else if('sequential_split' %in% progenitor_method){}
install.packages(c('sparsesvd','docopt'))
install.packages("qlcMatrix")
devtools::install_local(path = "/download/monocle")
【单细胞转录组】从0开始-monocle2安装流程 - 知乎 (zhihu.com)
image.png
monocle/R /utils.R
从 class(x) %in% c("dgCMatrix", "dgTMatrix") 改为any(class(x) %in% c("dgCMatrix", "dgTMatrix"))
并且将这两行注释：
if (class(cellData) != "matrix" && isSparseMatrix(cellData) == FALSE){ stop("Error: argument cellData must be a matrix (either sparse from the Matrix package or dense)") }
作者：100颗树
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来源：简书
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# 原来：
if (x@family@vfamily %in% c("negbinomial", "negbinomial.size")) {
# 改为：
if (any(x@family@vfamily %in% c("negbinomial", "negbinomial.size"))) {省略...}
