在服务器上用预编译的方法下载安装Aspera和SRA-toolkit
1.安装Aspera 软件
首先我们先远程登录云服务器:这里我使用的是Xshell
上图中1为我们需要访问的服务器端IP地址和端口号,然后输入自己的账户(如2)和密码进入服务器,正确输入之后如3所示。
这里编者已经下载好软件安装包,使用ls -la 命令可以显示当前家目录下存在的文件信息。
由于云服务器上已经下载好了软件压缩包,我们直接从/shares目录搬过来解压即可,注意点的是解压之后的需要将文件存在我们自己熟悉的目录下,如果没有事先创建目录,我们可以使用 —C参数直接创建,如下:
cd ~/Biosofts 之后用ls -la命令查看是否下载解压好了,同理我们可以用此办法下载SRA-toolkit
tar zxvf /disk1/shares/sratoolkit.2.11.1-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts/
接下来修改环境变量:可以使用vi ~/bashrc 进入之后在最后添加
export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH
也可以直接:
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >>~/.bashrc
编者在写时会经常将~/.bashrc 敲成~/,bashrc,之后就会创建一个新的文本,这时候就会出错。
正确进入之后是这个样子的,我们直接添加俩个环境变量到相应的路径下
source ~/.bashrc 保存并使环境变量生效
aspera -h测试是否能运行
运用prefetch -h的时候会报错,我们需要先使用vdb-config --interactive进行设置
进入该界面时候,由于我们不需要大的运用,直接按下s 进行保存即可,另外由于该界面是一个终端,可以用鼠标+回车键进行设置路径啥的。但是目前我们不需要。
保存后在使用prefetch -h查看
以上便是安装来个软件的简单操作了
测试下载sra(用于存储二代测序的数据格式)文件并打开
我们直接下载一个文件
prefetch SRR6232298 | less
用此命令进行格式转换查看转换后的文件
fastq-dump --split-files SRR6232298.sra
less -S SRR6232298_1.fastq
*本文来自于学习笔记,来源:课程为生物软件安装与应用小明老师。*