1. 益生菌可为儿童肠道迅速建立并保持正常菌群。益生菌两大家族包括乳杆菌属和双歧杆菌属。其中乳杆菌对婴儿的作用与成人基本相似。而双歧杆菌对婴幼儿有着重要的意义，因为在人乳中发现了双歧因子。
2. 目前除人乳外没有其它哺乳动物的乳汁能促进双歧杆菌的生长。双歧杆菌包括婴儿双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌和短双歧杆菌，在婴儿大肠中是优势菌。就如它的名字一样，婴儿双歧杆菌是婴儿身体胃肠道内的天然“居住者”。
3. 益生菌能够抵抗致病菌从儿童肠道上入侵并定植。因为它们是夺取营养素的强者且紧紧地黏附于肠道壁。当肠道中“居住”足量的婴儿菌时，有害菌就没有地方“定居”。益生菌产生的醋酸和乳酸增加了肠道的酸度，进一步阻止了不良菌的生长。
4. 有益细菌还有助于氮素的保留，保证儿童正常的体重。婴儿的双歧杆菌能阻止硝酸盐转化为潜在致癌物亚硝酸盐，当然，它们还能产生重要的B族维生素及抵御病菌的免疫球蛋白A。
5. 治疗新生儿坏死性小肠结肠炎：益生菌有益于新生儿坏死性小肠结肠炎的预防及治疗，可降低早产儿新生儿坏死性小肠结肠炎的发生率及病死率，缓解新生儿坏死性小肠结肠炎的严重程度，缩短其病程及腹胀时间。
6. 治疗新生儿黄疸：益生菌辅助治疗新生儿黄疸，可降低患儿胆红素浓度。
7. 治疗早产儿喂养不耐受：益生菌可降低早产儿喂养不耐受的发生率，辅助治疗婴幼儿乳糖不耐受，可明显缩短疗程，促进患儿体重增长。能减少早产儿喂养过程中呕吐、胃潴留、腹胀的发生，缩短其达全胃肠道营养的时间，节省住院时间，减少静脉营养的不良反应。添加益生菌的早产儿大便性状更接近母乳喂养儿。
8. 治疗急性腹泻病：急性腹泻病的主要治疗原则是预防和治疗脱水、继续进食以及合理使用药物等，使用益生菌可以缩短腹泻病程，减少住院时间。
9. 预防抗生素相关性腹泻（AAD）：AAD的发生与使用的抗生素种类及疗程、患者的年龄、住院时间以及并发症等因素有关，在使用抗生素的同时使用益生菌能够明显减少AAD的发生率，并且减轻AAD 的程度。
10. 治疗炎症性肠病（IBD）：目前没有符合纳入标准的益生菌在儿童IBD中应用的随机对照试验（RCT） 研究，难以形成推荐意见。国内益生菌主要用于成人轻、中度活动期溃疡性结肠炎（UC）的辅助治疗。
11. 治疗幽门螺杆菌（Hp）感染：质子泵抑制剂（代表药物：奥美拉唑）为基础的三联疗法联合益生菌治疗能够提高儿童Hp根除率，降低不良反应发生率。
12. 治疗胆汁淤积性肝病：遗传代谢因素、感染因素、胆道发育异常、围生期等因素均可导致儿童胆汁淤积性肝病，胆汁淤积性肝病的治疗以护肝、利胆退黄及病因治疗为主。益生菌作为辅助治疗，有助于预防肠道菌群紊乱及细菌和内毒素移位、修复肠黏膜屏障、促进胆汁排泄等作用。但文献报道较少，难以形成推荐意见。
13. 治疗儿童功能性便秘：益生菌可缩短粪便肠道运输时间，增强肠道的运动频率，使排便次数和粪便黏稠度明显改善，并且可以缓解排便疼痛和困难症状，降低功能性便秘的复发率。
14. 治疗婴幼儿湿疹：除了局部治疗以外，益生菌作为全身辅助治疗，能够明显改善湿疹评分，提高疗效，降低复发率。国内有个别报道对于食物过敏，过敏性鼻炎和哮喘的辅助治疗。
15. 预防婴儿过敏：国际上指南推荐使用益生菌预防婴儿过敏，特别是对于发生过敏性疾病高风险的婴儿，推荐母亲在妊娠后期和哺乳期及出生以后婴儿使用益生菌。
16. 减少呼吸道感染：益生菌可以明显减少呼吸道感染发生次数、发热时间、咳嗽及喘息时间和抗生素使用时间。
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