免疫细胞类型：B cellsB cells memoryB cells naive T cellsT cells naive Dendritic cells 树突细胞Macr...
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基因家族分析全套软件
基因家族生物信息学分析 （1）基因家族分析概述 旁系同源基因 基因家族可通过基因复制进行物种特异性扩增，主要有染色体片段复制、串联复制和反转录子转座等三种形式，可能导致功能丢...
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TBtools | 多图合一至强版教程！进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。 写在前面 “Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的...
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「生信」共线性分析——MCScanX目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka & Ks 计算下游画图脚本最后 MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性(collin...
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利用BiocManager安装R包
1.首先安装BiocManager包如果你的R版本为3.6版本，请将版本号设置为version = "3.11"version = "3.12"适用于R 4.0.0 2.通过...
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进化树-itol上色美化
进化树或者系统发育树在微生物及群体结构分析中是很常见的分析条目。进化树构建有很多方法，结果也大体相似，但是最终呈现的形式确是多种多样的，今天给大家介绍使用itol进行进化树的...
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CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方热图 - 伪三维Emmm, 今天的主图， 写在前面 博士毕业论文中，使用的样品包括： 不同的类型 / 或者说不同的组织 不同的时间 / 或者说时间序列所以，是一个多X多的设计。对于这类实验设...
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GO富集分析（转载）GO富集介绍每个基因都会对应有一个或多个GO term（也就是GO功能）。富集涉及到两个概念：前景基因和背景基因。前景基因就是你关注的要重点研究的基因集，背景基因就是所有的基...
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重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）写在写在前面的前面 或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 写在前面 TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不...
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构建某一基因家族的进化树
写在前面绘制某一基因家族的进化树，这是基因组学研究过程中不可缺少的一部分。划分成不同的基因家族的依据一般是其具有某一相同的结构域，下面我将以水稻中GUB_WAK_bind类家...
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物种内共线性圈图绘制，有那么难吗？写在前面 我受够了！整天有人问，TBtools怎么画这个图 但是我其实只想回一句： 你画这个图干什么？有什么意义？你想说谈什么生物学故事？ 承认吧，你什么都不知道，什么都没搞...
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用TBtools做物种内共线性分析（仅步骤）主要是参考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我们拿到的是以下的材料 1. Blast比对 根据以下选...
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任何人！一键完成物种间的共线性分析与可视化写在前面 类似的主题，我们已经推出了一篇主题为《一键完成共线性（MCScanX）分析》的文章。推出之后一部分人用着挺好。也有相当部分朋友却不知为何遇到各种各样的问题。这些问题...
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TBtools物种间共线性分析使用教程首先非常感谢CJ老师开发的TBtools工具，给生信分析带来了极大的便利，详细内容介绍请参考https://www.jianshu.com/p/f39bff6c4746 一 ...
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零基础多物种间共线性分析首先非常感谢Cj大神开发出来的TBtools生信工具，为生信分析做图带来了极大的便利。作为生信小白，在做多物种间共线性分析时，尝试了多种方法，苦于没有计算机基础，一直没能完成...
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orthofinder
conda已经安装orthofinder2，试运行了一下，目前的问题： 1.跑出的结果不知道怎么用：哪些结果可以用作下一步分析？下一步分析要做什么？怎么做？ 2.-M rax...
