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易科源生信分析
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    易科源生信分析
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    lakeseafly

    写了 132491 字,被 2381 人关注,获得了 1966 个喜欢

    西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题,有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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    易科源生信分析
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    胡童远

    写了 150950 字,被 3689 人关注,获得了 2568 个喜欢

    不做无条件咨询,见谅
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    易科源生信分析
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    爱折腾的大懒猪

    写了 50746 字,被 616 人关注,获得了 1088 个喜欢

    从事分子模拟相关工作的化学🐶,能写码,能做计算,能解质谱,能搞化学实验。
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    易科源生信分析
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    《利用Python进行数据分析·第2版》(Python for Data Analysis)

    SeanCheney 编,17 篇文章,1456 人关注

    《利用Python进行数据分析》的最新版
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    易科源生信分析
    《利用Python进行数据分析·第2版》第2章 Python语法基础,IPython和Jupyter Notebooks

    第1章 准备工作第2章 Python语法基础,IPython和Jupyter Notebooks第3章 Python的数据结构、函数和文件第4章 NumPy基础:数组和矢量计...

    SeanCheney
    186976 40 470 6
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    易科源生信分析
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    麋鹿吃了颗草莓

    写了 4067 字,被 64 人关注,获得了 39 个喜欢

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    易科源生信分析
    《利用Python进行数据分析·第2版》第3章 Python的数据结构、函数和文件

    第1章 准备工作第2章 Python语法基础,IPython和Jupyter第3章 Python的数据结构、函数和文件第4章 NumPy基础:数组和矢量计算第5章 panda...

    SeanCheney
    121002 30 305 3
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    易科源生信分析
    《利用Python进行数据分析·第2版》第1章 准备工作

    《利用Python进行数据分析·第3版》新版上市[https://u.jd.com/W8xSkzl],新版使用的是Pandas 1.4,更新了不少内容。为了帮助大家学习,这次...

    SeanCheney
    529719 125 2109 24
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    易科源生信分析
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    SeanCheney

    写了 803246 字,被 11492 人关注,获得了 9001 个喜欢

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    易科源生信分析
    如何对基因组序列进行注释

    基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型,有三种策略: 从头注释(de novo prediction...

    xuzhougeng
    52080 14 184 2
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    易科源生信分析
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    生信笔记

    写了 765 字,被 30 人关注,获得了 24 个喜欢

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    易科源生信分析

    找到原因了,物种的蛋白文件和对应的cds文件中,每条序列的名字不统一,统一后就可以了

    如何计算kaks值和4dtv值

    前期准备 不同物种的蛋白和cds序列:os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序:blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...

    Davey1220
    11973 31 39 1
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    易科源生信分析

    博主,你好!
    前面步骤都没有问题,直到ParaAT.pl -h A3A2V.vinifera.homolog -n A3A_V.vinifera.cds -a A3A_V.vinifera.pep -m clustalw2 -p proc -f axt -o A3A_V.vinifera_out这一步,在A3A_V.vinifera_out文件夹下没有生成结果;运行这个脚本的过程如下:
    ParaAT.pl -h A3A2V.vinifera.homolog -n A3A_V.vinifera.cds -a A3A_V.vinifera.pep -m clustalw2 -p proc -f axt -o A3A_V.vinifera_out
    ****************************************************************
    Program: /home/daixuelei/software/ParaAT2.0/ParaAT.pl [Version: 2.0; Oct. 4, 2014]
    Function: Parallel Alignment & Translation
    Reference: Zhang Z., et al. (2012) ParaAT: A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments, Biochem Biophys Res Commun, 419, 779-781.
    ****************************************************************
    Checking input parameters: [OK]
    Checking Epal2nal.pl: [OK]
    Checking multiple sequence aligner: clustalw2[OK]
    Checking output format: [OK]
    Checking output folder: [OK]

    Outputing input parameters:
    Homologous groups = A3A2V.vinifera.homolog
    Amino acids sequences = A3A_V.vinifera.pep
    Nucleotide sequences = A3A_V.vinifera.cds
    Process file = proc
    Output folder = A3A_V.vinifera_out
    Multiple sequence aligner = clustalw2
    Output format = axt
    Genetic code = 1-The Standard Code
    KaKs_Calculator used = FALSE
    Remove gap = FALSE
    Remove mismatched codons = FALSE
    Verbose output = FALSE

    Reading homologous groups from A3A2V.vinifera.homolog: 20563 groups
    Reading nucleotide sequences from A3A_V.vinifera.cds: 64305 nucleotide sequences
    Reading amino acid sequences from A3A_V.vinifera.pep: 64305 amino acid sequences
    Generating homologous group files for alignments: 0 from 20563 groups
    Aligning amino acid sequences for 0 homologous groups:

    Translating amino acid alignments into codon alignments:

    Cleaning temporary files:

    Mission Accomplished (Time used: 1s).
    一直没找到问题所在

    如何计算kaks值和4dtv值

    前期准备 不同物种的蛋白和cds序列:os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序:blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...

    Davey1220
    11973 31 39 1
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    易科源生信分析
    如何计算kaks值和4dtv值

    前期准备 不同物种的蛋白和cds序列:os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序:blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...

    Davey1220
    11973 31 39 1
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    易科源生信分析
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    Davey1220

    写了 181986 字,被 3984 人关注,获得了 2618 个喜欢

    中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号:bioinfomics<br>博客:<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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    易科源生信分析
    其实MCScan画图也可以很好看

    最近发现了python版的MCScan,是个大宝藏。由于走了不少弯路,终于画出美图,赶紧记录下来 github地址 https://github.com/tanghaibao...

    rapunzel0103
    33140 35 101
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    易科源生信分析
    180
    rapunzel0103

    写了 32721 字,被 1147 人关注,获得了 1029 个喜欢

    Smart is the new Sexy
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    易科源生信分析
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    xuzhougeng

    写了 596418 字,被 11946 人关注,获得了 9307 个喜欢

    个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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