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在下一篇中Two-QTL scans，讲到了疏松的网格（step=2）。我去查查什么是“疏松的网格”。谢谢博主的分享呀！！！
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
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哈喽哈喽，博主好！我又又到问题了，请问帖子中的：“5. Single-QTL analysis
首先，利用calc.genoprob函数计算基因型的概率，step参数设置步长，单位是cM，步长确定了后期QTL定位的密度。”这里的步长是如何确定为2的呀？我看到一些文章中用的0。1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
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1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
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@Wei_Sun 感谢解惑，谢谢😁😁😁
9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制
在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...
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感谢分享优质教程，这里我有一个疑问。关于阈值确定上”> threshold <- 1/292493“，请问这里为什么是用1除以有效位点数目，而不是用0.01或者0.05呀？感谢回复。
9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制
在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...
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9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...
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我解决了这个问题
GWAS分析-说人话（20）-单倍体关联分析
前言 来到这里，已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到，我把我最厌恶的东西写出来， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，这一小节吐槽官网的这一行代码，大神请...
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请问您解决这个问题了吗？我的结果也是NA
GWAS分析-说人话（20）-单倍体关联分析
前言 来到这里，已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到，我把我最厌恶的东西写出来， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，这一小节吐槽官网的这一行代码，大神请...
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CMplot报错missing value where TRUE/FALSE needed今天在使用CMplot画曼哈顿图时遇到一个bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) ...
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@Wei_Sun 谢谢作者大大
7.1 GWAS：系统进化树——MEGA
系统发育树 系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图，用来描述物种（或材料、序列等）之间的分类和演化关系，是反映群体结构最经典、直观、有效的方法；...
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感谢作者大大分享！我有一些疑问，我们做群体结构分析（构建进行树，主成分分析和祖先成分分析）之前的数据过滤是不是要进行LD过滤呀？如果要进行LD过滤的话参数要咋设置呀？
7.1 GWAS：系统进化树——MEGA
系统发育树 系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图，用来描述物种（或材料、序列等）之间的分类和演化关系，是反映群体结构最经典、直观、有效的方法；...
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@BestDNA 请问构建进化树是不是也要进行LD过滤呀，过滤参数该如何设置呀？
2021.11.19 | 群体遗传结构、PCA、进化树
常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 1）R语言绘图 admixture的可视化分为两种 2）pon...
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您好！感谢分享，请问您的标记数目为什么只有96个，是如何挑选的呀？我用snp来做的标记有6万多。运行一直报错。
MSTmap：遗传图谱分析软件
一、MSTmap软件介绍 MSTmap有网页版、Linux版两个版本： 在线网页版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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@Wei_Sun 请问标记在连锁群上的位置这一列信息如何获得呀？
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
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@Wei_Sun 好的，感谢大佬😁
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
