请问修改前的图中，图例的标题是怎么添加的？
R pheatmap 图例显示不完整/超出边界 添加标题 解决办法转换为ggplot对象，调整右边距 前： 后：
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R语言pheatmap热图色条控制小技巧本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据： data1如下： 查看数据范围： 使用上面的矩阵做热图，要求低值...
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使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证...
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关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟当只有自己发生状况时，归结给运气和自己太菜；当别人发生同样的状况时，归结给共同的客观原因，比如网速太慢、电脑太烂；当伟大的互联网告诉你有更多的人遭遇了同样的困惑，才终于投向科...
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详解GO的层级关系在富集分析中的应用对于Gene ontology 而言，目前共有2万多个Go trems。 做完富集分析后，我们可能会得到几百甚至几千个富集到的GO terms, 这样的一个数据量对于人工一个...
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GO-plot:超好看的GO富集可视化以下代码均来自GO-plot的manual（GOplot (wencke.github.io)[https://wencke.github.io/]）。GO-plot用条形图...
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R语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] 热图输入的数据是数值型...
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@果蝇饲养员的生信笔记 所以如果后面继续用DESeq进行差异分析，其实并不需要另外进行标准化对吗？标准化得到的normalized_counts是用来做其他差异分析？
DESeq2详细用法
1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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DESeq2中rlog标准化那些事前言 我们在使用DESeq2做下游分析的时候，往往会利用到DESeq2的标准化函数：rlog和vst函数进行标准化，而这两种标准化方式是有一定区别的： rlog更适用于样本量...
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DESeq2三种标准化的区别
count标准化 我们构建dds对象以后，可以计算每个文库的标准化因子，那么count函数加normalized=TRUE意味着每一列的基因除以对于的标准化因子，从而实现对文...
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6、无重复差异基因分析（edgeR包的使用）1）简介 edgeR作用对象是count文件，rows 代表基因，行代表文库，count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差异表达分析，而不是定量基因表达...
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EnhancedVolcano -- 火山图全攻略小郭叨叨叨：本文档主要介绍EnhancedVolcano包及参数说明。作者 Kevin Blighe，R包信息参见Publication-ready volcano plot...
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用EnhancedVolcano 绘制火山图最近发现一个新包EnhancedVolcano，画火山图令人发指的简单，而且用户自主设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，还可以通过添加连线的方式有效避免数据点...
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KEGG API 用法详解下篇
本篇接着介绍下列 4种 api 的用法： get conv link 4.ddi get 根据提供的kegg 标识符，返回特定的记录，多个标识符之间用+ 连接，一次最多允许1...
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KEGG API 用法详解上篇
对于大多数的数据库而言，API接口可以方便的从数据库中检索数据。kegg 数据库的API 链接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi...
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热图去掉聚类树但是保留聚类
看到这个问题，你可能搜了好多答案，比如 热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序？ - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/e...
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【转录组07】样本表达分布、相关性分析&差异表达分析一.样本表达分布 箱式图 小提琴图 概率密度分布图 以上三个图结合起来可以看总体样本表达分布图 二.样本的相关性 层次聚类树————通过计算点与点之间的空间距离对样本进行类别...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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scale函数对矩阵归一化是按行归一化，还是按列归一化？提出这个问题是在R package：circlize环状热图[https://www.jianshu.com/p/300e00fe61b6]需要对某个矩阵进行归一化处理，虽然...
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统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb库 enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。 ge...
