最近在学习构建进化树，尝试了用PHYML构建ML树和用MrBayes构建贝叶斯树，因为构建ML树时用的是网站的PHYML进行的，操作简便，所以就未做整理，只详细整理了一下贝叶...
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用MrBayes构建系统发育树操作步骤整理总结
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七. 植物叶绿体基因组--组装，注释和比较作图（GetOrganelle，GeSeq，Chloroplot，IRscope）一. 简介 叶绿体是绿色植物，藻类和蓝细菌进行光合作用的场所，光合作用将水和二氧化碳转变为有机化合物并放出氧气。叶绿体所携带遗传物质DNA，以原核细胞的编码方式转录合成一些自...
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基因组大小用Kb （千），Mb（百万）、Gb（十亿）为单位描述基因组的大小。 bp = base pair(s)=一个碱基对 kb (= kbp) = kilo base pairs ...
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bowtie2比对软件的安装及参数详解
测序数据分析软件，Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类...
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石河子大学第一附属医院泌尿外科副主任医师
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代谢组学10问10答——带你轻松入门（基础版）转录组、蛋白组和代谢组，在这三大组学中，代谢组被认为是难度最大的组学。因为代谢物种类多，组成复杂，涉及到的仪器平台多，分析方法难，数据库多，标准品库不全面等，这些原因都导致了...
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RNA-seq 数据分析最佳实战（综述）知识的学习没有一蹴而就，没有捷近，扎实的学习是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的综述，全面而详细！深度好文，可用来反复阅读。初学者用于把握RNA-seq真个流程及各个...
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转录组学基础——什么是RNA-seq当进行转录组学数据分析时，会发现有两种数据。一种被称为芯片数据（Microarray data)，另一种是下一代测序技术（NGS）得到的数据（eg，二代测序，三代测序）。 目...
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转录组分析流程
一、读文章获取下载数据 1、读文章 一般我都从NCBI上面下载文章，找到数据号 2、下载数据 进入NCBI的GEO数据库，输入数据号，通过FTP下载数据，并使用fastq-d...
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GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。其中，共线性分析是比较基因组学的重要组成部分，...
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快速下载SRA文件及fastq-dump的小陷阱
基于prefetch, 2023.10.17测试可用在conda环境进行SRA文件快速下载 1.安装sra-tools: 2. 下载Accession List prefet...
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为什么prefetch不能用了
最近在下数据，发现每次用prefetch都报错，我很痛苦然后，今天早晨，我鼓起勇气点开了报错提供的连接，发现其实人家说的很清楚，只不过我被报错冲昏了头脑。。https://g...
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Windows10下使用Ubuntu子系统
作者：__lifanxin链接：https://blog.csdn.net/A951860555/article/details/110038308[https://blog...
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生信工作者。
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生信初学者--小瑜
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随笔记录，方便查找；<br>欢迎扫码交流
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叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 从注释好的gb格式（GenBank Flat File）...
