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遗传分化指数(Fst)的计算
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数（Fst），fst是由F统计量演变而来，F统计量主要有三种（F...
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plink格式文件与vcf格式文件相互转化
有的时候在做数据分析的时候，会用到各种各样的分析软件，而每个分析软件又有与之相匹配的输入文件格式。格式不对，会很麻烦，有时候会出现错误的结果，甚...
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连锁不平衡（LD）分析。在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是非常常见的内容，同时也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减或者block单...
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利用plink对snp质控的指标和基本流程
在拿到一组snp数据时，首先应该想到要对snp数据的质量进行检测和控制。然后再考虑这组数据该怎么分析，如何分析。snp的质控是非常重要的，如果s...
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基于r语言利用qqman画曼哈顿图和QQ图
GWAS现在非常的流行，尤其是在复杂疾病的研究，由于在畜牧的行业里许多的经济性状与我们动物的遗传育种与繁殖息息相关。而且许多经济性状都是属于数量...
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利用R语言做主成分分析（PCA）自学笔记
成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 将多个变量通过线性变换以选出较少个数重要变量的一种多元统计分析方...
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基于R语言使用xp-ehh做选择信号分析的个人笔记
自从第一次了解选择信号之后就对其产生了浓厚的兴趣，通过读文章知道有许多的方法来对基因组上的选择信号进行检测，比如Fst，EHH，IHS，LD等等...