测序数据预处理——质控：Trimmomatic 测序数据预处理——质控统计：FastQC 序列组装与基因预测——拼接：MEGAHIT 序列组装与基因预测——ORF预测：Pro...
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宏基因组分析概述
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绘制堆叠柱形图（ggplot 2）使用群落微生物物种丰度表数据
群落微生物物种丰度表-绘制堆叠柱形图（ggplot 2） 今天我们先来讲一下如何利用细菌群落的高通量测序数据来绘制堆叠柱形图来展示不同样品中优势菌的相对多度。 话不多说，直接...
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Qiime2 数据导入在qiime2中进行任何数据分析的第一步永远是将数据导入qiime2并储存为qiime对象(.qza)。qiime2 接受导入的数据类型很多，包括从刚下机到分析过程中产生的任...
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什么是嵌合体？在PCR反应中，在延伸阶段由于不完全延伸，就会导致嵌合体序列的出现。如下图所示：在扩增序列Template1的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部分Template1序列在延伸...
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5. 基于OTUs的alpha多样性指数计算和可视化简介 1. 物种丰富度指数(Species richness)：群落中丰度大于0的物种数之和，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物种...
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matplotlib自定义调用windows的字体库方法1：局部调用 字体库的文件是.tff格式windows pc端基本涵盖了我们所需的各种字体首先需要找到他在哪： 以我最常用的Aria为例，双击点进去会有如下文件 那么调用...
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16S测序分析（二）菌群多样性分析导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算，以及展示“如何用R语言实现alpha多样...
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主要关注于脊椎动物适应性进化与比较基因组学研究<br>简书原账号：WhyDoWeAge
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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提高扩增子物种鉴定分辨率利器：Oligotyping什么是oligotype ? 寡核苷酸: 是一类只有20个以下碱基的短链核苷酸的总称（包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸），寡核苷酸可以很容易地和它们的互补链对...
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Trimmomatic详细使用
软件介绍 于2014年首次发表在Bioinformatics期刊上，Trimmomatic是一个快速的多线程命令行工具，可以用来整理和裁剪Illumina(FASTQ)数据...
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初次使用GNU parallel
因为最近买了biostar handbook, 里面有一部分讲的是shell脚本编写。里面介绍了parallel这个并行工具。但是初次运行老是充斥着注释行，就是介绍他这个软件...
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Linux下的并行神器——parallel
GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 1、parallel 用法简介 1.1...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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日新月异。
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4-【mafft、muscle】的安装和使用（2021.5.25更新）
安装时间：2021.2.4 1. 简介 多序列比对在生物信息分析中是常用到的操作，目前多序列比对的软件较多，没有一款十分完美的多序列比对工具。有文献报道： 在比对速度上（Mu...
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Sed
sed 是一种在线的非交互的编译器，它一次处理一行的内容。处理时，把当前处理的行储存在临时缓冲区中，称为模式空间，接着用sed命令处理缓冲区的内容，处理完成后，把缓冲区的内容...
