首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列 -
python-gffutils 修改gff3文件基因名称gff3格式 基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。基因结构注释文件中，基因包...
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TO-GCN#软件下载 GitHub - petitmingchang/TO-GCN: Pipeline of time-ordered gene coexpression networ...
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如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape软件的使用）WGCNA分析过程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一个module里所有基因相互之间的connectivity的weight值，根据这些值你可以将它们之间的...
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Blast：2.outfmt格式详细
blast输出格式可以用outfmt控制 -outfmt alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Quer...
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clusterProfiler优雅的处理KEGG数据
最近在系统学习clusterProfiler软件包，越用越觉得Y叔的强大，本节来介绍几个实用的小功能 k转ko bitr_kegg可以对多个ko号进行转换此处传入字符向量即可...
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如何使用KAAS进行KEGG注释使用KAAS做KEGG注释 标签： KEGG， RNAseq， bioinformatics 什么是KEGG 中文名: 京都基因与基因组百科全书外文名: koyto Ency...
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后面继续学习 动态规划与图论
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单细胞多样本多平台合并分析
https://mp.weixin.qq.com/s/PA_xTrqVYiZCOscP43CgUw[https://mp.weixin.qq.com/s/PA_xTrqVYi...
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下载bioconductor的包掉坑总结
下载bioconductor的包一直用的是三部曲策略，但是最近问题不断，才知道人家已经更新换代了，现在只需要两步就可以了，而且在这个出坑的同时也发现在bioconductor...
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一套比较简便的基因组组装流程
这套流程主要特点是消耗资源比较少，1G以内的基因组，内存不要低于128G，最好能搞到256G，但是再多对这套流程用不上，更大的基因组没有测试过。 测序数据为100x以上的Pa...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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46. 全排列（Python）
更多精彩内容，请关注【力扣中等题】。 题目 难度：★★★☆☆类型：数学方法：回溯法 题目 给定一个没有重复数字的序列，返回其所有可能的全排列。 示例 输入: [1,2,3]输...
