研究生一枚，主要研究方向为植物内生菌及微生物相关内容，公众号【科研后花园】，主要更新内容：1）基于R的科研绘图；2）科研小技巧分享；3）绘图技巧分享；4）科研网站分享。
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基于R语言的微生物群落组成多样性分析——物种丰度可视化之弦图（Chord Diagram）引言 上一期内容我们介绍了基于R语言使用热图（Heatmap）对微生物丰度进行展示，今天这期内容主要介绍如何使用弦图（Chord Diagram）来展示物种丰度的计算...
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全球脊椎动物生物多样性地图
https://biodiversitymapping.org/index.php/download/[https://biodiversitymapping.org/ind...
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R—计算系统发育多样性PD (Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity)R计算 PD Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity 网址： https://cran.r-project.org/web/pack...
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R计算功能多样性— functional diversity (FD)一般植物功能特征被划分为3类：一是植物形态特征, 包括生长型、生活型、植株高度等；二是植物生殖特征,包括传粉方式、扩散方式、种子重量等；三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[...
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ggplot2绘制richness(物种丰富度)指数图这一节我们来根据OTU表计算样本的richness即丰富度指数，统计样本中不为0的数目累加即可，喜欢的小伙伴可以关注个人公众号R语言数据分析指南,持续分析更多优质资源，江山父...
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公众号 R语言数据分析指南，欢迎大家关注
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群体结构——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
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Cytoscape构建网络图实操基础理论 网络图 网络图非常常见，不仅被用在生物信息学分析，在生活中也很常见，如民航航线图、食物链、基因调控网络都是网络图经典的例子。 网络图应用价值 直观形象的呈现数据关系...
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群体结构——系统发育树的构建最近杂事真的非常的满，终于找到时间更新一下。。。。 通过上一篇文章的介绍，系统发育树的基本概念[https://www.jianshu.com/p/4c5a4bf84e57]...
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基因流分析——D统计基本概念 基因渗入(introgression)： 是在遗传学中，指两个基因库间的基因流动，通常是经过种间杂交产生。基因渗入是一个长期的过程，它可能需要许多代杂交才能产生回交...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...
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研究方向：基因组学、转录组学、遗传学<br>边做边分享，超不定期更新
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群体结构——系统发育树的基本概念本文具体介绍生物信息学分析中最常用的群体结构展示图形——系统发育树，分为两部分进行说明：系统发育树的基本概念和系统发育树的构建。 全文重点: 第一部分 系统发育树是描述物种间...
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差异基因|火山图介绍 关于ggvolcano包和ggplot2包绘制火山图，以及加标签、修改配色等。获得差异基因列表后，用以进行差异基因分析的数据通常包括包括Gene_ID，logFoldC...
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linux脚本 | 去除系统发育树的支长和节点信息介绍 系统发育树文件通常带有支长和节点信息，如遗传距离、位点数、支持率、分化时间等等，生成这样的信息一般是通过软件基于序列信息计算得到的。而在某些情况，我们需要删除这些信息，...
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如果你是程序员，或者有一颗喜欢写程序的心，喜欢分享技术干货、项目经验、程序员日常囧事等等，欢迎投稿《程序员》专题。 专题主编：小彤花园 http://www.jianshu.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序员】专题拒稿指北：http://www.jianshu.com/p/7c8b33b5f63b 投稿须知： 1.收录相关技术文章，但不限于技术，也可以是项目经验类的文章和程序员日常。 2.文章內不得有任何推广信息。包括但不限于公众号、微博、微信，更不得在通过投稿后再修改文章加入推广信息。你可以将这些推广以及个人信息放在个人主页介绍里。 3.字数极少，段落混乱，大段代码没有放到代码框的文章不收录 4.不相关的内容不收录，请确认文章内容和本专题相关 目前针对优质作者及爱好者，开设了官方程序员微信群，希望加入请发简信给主编小彤花园索取个人微信，主编会将你加入到【程序员】微信群，分享内容，收获知识。添加微信时备注昵称。
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