clean.core.tree.newick是core.full.aln删除奇怪字符替换为N后得到clean.core.aln画的进化树，是根据与ref比对上的所有snp位点进行的进化分析，这样理解应该应该是没有错的吧
那么run_gubbins.py -p gubbins clean.full.aln这一步有一的树生成，gubbins.final_tree.tre这个树是什么意思呢，有具体的进化分析意义吗？
使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亚墨尔本大学的 Torsten Seemann[https://twitter....