下一代测序技术（Next-Generation Sequencing, NGS）是近十年来生命科学领域迅猛发展的分支之一，它包括但不限于以下技术： 全基因组测序（Whole ...
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初识下一代测序技术
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迷茫的秃头少女，在生信中挣扎
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TCGA|GEO可视化分析第2篇---KEGG|GO分析大全导读：之前讲了如何用筛选出的差异基因做做相关性分析。那今天我和各位小伙伴深入的讲一下：（1）如何用clusterProfiler做KEGG|GO富集条形图，气泡图；（2）如何...
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[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle转载请注明：陈熹 chenx6542@foxmail.com （简书号：半为花间酒） 分析和预处理 查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理 观察结论： Davi...
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踏药学科研路，心里装着风花雪月，怀中揣着英雄梦想。
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如何用targetScan miRanda RNAhybrid预测lncRNA和circRNA的靶向miRNA
targetScan 需要准备两个文件，一个miRNA序列种子文件和lncRNA UTR序列文件。文件格式如下： 脚本可从targetScan[http://www.targ...
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喜欢写代码的外科医生。
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TCGA数据库介绍
转载：https://biozx.top/TCGA-introduce.html[https://biozx.top/TCGA-introduce.html] 简介 肿瘤基因...
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@叶方叠 木有，我换了另一个方法，CSDN的一篇文章——TCGA数据挖掘——神经胶质瘤（GBM）差异mRNA分析
生信-使用R语言将gdc数据转化为基因表达矩阵
从gdc-client下载数据后，接下来，我们可以尝试把gdc数据转化为基因表达矩阵，这里需要对原始数据文件进行加工处理 1.准备工作 创建一个工作目录，将样本文件夹放在al...
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使用Pheatmap包绘制差异miRNA热图说明：测序报告中，生物公司给出的Excel文件，可以将excel另存为csv格式，便于后续分析，当然也可以安装可以直接导入excel文件的R包。 pheatmap参数调整:添...
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TCGA-miRNA的生存分析引言：之前写了mRNA的生存分析，对于miRNA来说基本一致，只不过因为从TCGA上下载的miRNA的reads文件和mRNA有一点不一样，需要额外处理一下。TCGA-mRN...
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2019-07-13 - TCGA胃癌的miRNA成熟体在肿瘤不同级别的表达图 (R)思路 首先要依据临床特征建立分组，无论是复发vs原发还是TNM分型中的T/N/M。将肿瘤每个样本的表型特征，与表达数据矩阵一一对应到同一张表格里来，随后再用作图工具出图。因为...
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#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合
上期(#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载)介绍了使用TCGA 的API下载肿瘤表达谱及临床数据,本期来处理上期下载的表达谱文件.还是以肝癌的miR...
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搬砖的工人<br>
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TCGA工具-GDCRNATools学习笔记介绍 GDCRNATools 是一个R包，提供标准的，易于使用和全面的管道，用于下载，组织和综合分析GDC门户中的RNA表达数据，重点是解读癌症中lncRNA-mRNA相关的...
