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    群体结构——PCA分析

    概念 PCA(principal components analysis)即主成分分析。主成分分析也称主分量分析,旨在利用降维的思想,把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...

  • 文章写的很好,很详细,但是重新添加SNP编号那行代码是不是有点问题

    admixture 群体结构分析

    tructure是与PCA、进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA,进化树,群体结构分析可明...

  • 构建 IBS 矩阵后,怎样得到IBS 距离矩阵?

    群体遗传学之个体间遗传距离及其计算方法

    01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...

  • 是不是直接用第三步就可以,不用第二步转换一下

    利用EIGENSOFT中的smartpca模块进行PCA分析

    这个工具是很经典老牌的工具,是非常可靠也得到了学术界认可的一款软件。工具官网:https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/softwar...

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    跑通GWAS,用这些脚本就够了

    最近跑通了一遍GWAS分析,全程在linux操作,虽然具体还有好多需要微调的地方,先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...

  • 很通俗易懂👍不过你表格上面小爹小妈的基因型好像写反了

    binmap-123

    原网址:1)http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2)http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...