一、前言 好久没更新过文章啦，今天我们来聊一聊怎么找hubgene。 二、常见的寻找hubgene方法 我们如果要研究一个疾病，通常会做一个疾病的正常和非常基因差异表达分析，...
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转录组分析——如何寻找差异基因中的中枢基因（hubgene） -
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【点】网络药理学汇总最近又做了一次这个东西，感觉意义确实不明显，主要还是因为现有数据库的质量不够吧，但是在大范围抓鱼上面还是有点借鉴意义的，就如同生信一般，想做出亮点离不开扎实的湿实验，而且目前...
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R语言中的管道%>%
本文首发于我的个人博客[https://www.ikeguang.com/?p=1783] ％>％来自dplyr包的管道函数，我们可以将其理解为车间里的流水线，经过前一步加工...
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R语言实战 | 新老福利~解放双手的rstudio快捷键
"R实战"专题·第5篇 编辑 | 科白君 本期推送内容 学习方法一定是在学习过程中占最主要的。最近学了一些新的小技能，掌握了不少rstudio软件中高效率的快捷键。我认为，这...
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【点】p value、FDR、q value
假设检验： 一般步骤： 1.设定假设后需要验证：假设0一般都是“处理组和对照组无区别” 2.构建检验统计量：根据样本数据计算统计量和检验统计量 3.设定置信区间：根据检验统计...
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【点】count、RPM、RPKM、FPKM、TPM
为什么需要标准化 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差：测序深度和基因长度。 #测序深度：一个片段测了几遍 #测序覆盖度：测序片段匹配到目标区域的百分比 测序深度：测序深...
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【点】模型选择标准：AIC与BIC
数据少，模型复杂，过拟合 数据多，训练得好，过拟合 需要标准来平衡，除了常见的正则化，还有其他标准。 1、赤池信息准则（Akaike Information Criterio...
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【点】RR、OR、HR
RR(relative risk)：相对危险度，适用于队列研究（真实世界追踪研究），先选择人群，后观察结果。反映的是不同处理的危险率之比。 OR(odds ratio)：优势...
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【块】Gene id格式转换的多种方法
本文将逐步增加各种方法，有时间再研究各个方法的区别。每个人在转换id格式时，可能会遇到很多与以下流程不同的情况。比如说gene id有小版本、去重后数据大量丢失等等，建议具体...
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【块】Cibersort.R计算22种免疫细胞浸润分数综合简书作者们的文章以及自己操作，综合整理如下，以备后面使用。有问题欢迎交流Robust enumeration of cell subsets from tissue ex...
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【书】《Advanced R》R数据结构先看文字理解，图在最后 1、结构 R的基本数据结构是向量（vector），向量又有两种：atomic vector 和 list（后面简称vector为向量，atomic v...
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【包】SummarizedExperimentSummarizedExperiment类 该类常被用来储存表达矩阵，比如TCGAbiolinks下载的TCGA表达矩阵。该类数据将原始信息（metadata）和表达矩阵（a...
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【包】arrayQualityMetrics
该包仅用一个函数生成一个对芯片数据库进行质量评价的HTML文件主要支持Affymetrix、Illumina芯片，其他芯片可以转换为one or two colour arr...
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【点】dist、hclust与cutree函数画热图会涉及到的几个小函数 dist() 使用特定的distance计算方法计算行与行之间的距离。可使用的distance计算方法："euclidean"、"maximum"...
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【个人】阶段总结2021.8.11
这段时间比较忙，做的事情也没有明显的产出。正如我前面几年的很多时间一样，收获十分零散。现在对于这种情况的认识主要有：1）有问题在面前却不知道问题是什么；2）没有及时反思记录；...
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带你走入生信学习之路——生信入门
本文全部都是个人经验、个人观点 阶段一：进入学习状态 学姐和我说过这么一句话：做项目最简单的是学习，难在设备和技术，说白了就是资源 进入一个新的领域最简单就是两步走：读两本书...
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geom_bar()函数绘制条形图
使用geom_bar()函数绘制条形图，条形图的高度通常表示两种情况之一：每组中的数据的个数，或数据框中列的值，高度表示的含义是由geom_bar()函数的参数stat决定的...
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R绘图_ggplot2绘制Error barError bar 本教程介绍了如何使用R软件和ggplot2软件包创建带有误差线的图形。 1. 数据准备 统计函数代码 或者使用Rmisc包统计函数 2. 带误差条的条形图...
