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    单细胞测序最好的教程(五):聚类

    我们前面四次教程,已经完成单细胞数据的预处理了,包括质控,归一化,高可变基因筛选,降维。现在,我们就要开始单细胞测序的正式分析了,细胞类型注释等...

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    单细胞测序最好的教程(四):降维

    前言提到,在过去两天的教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的预处理的一些思想。关于omicverse的使用文档与安装教程可...

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    单细胞测序最好的教程(三):特征基因选择

    前言提到,在过去两天的教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的质控以及归一化的一些思想。关于omicverse的使用文档与安...

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    单细胞测序最好的教程(二):归一化

    1. 背景 在前面的教程中,我们从数据集中删除了低质量的细胞,包括计数较差以及双细胞,并将数据存放在anndata文件中。由于单细胞测序技术的限...

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    单细胞测序最好的教程(一):质量控制

    目前,国内对于单细胞测序分析的教程五花八门,百花齐放,一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。2023年在 Nat Rev Gen...

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    Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程

    在前面的教程中,我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程,在本节教程中,我们将介绍如何使用omicverse完成加权基...

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    Python版RNA-seq分析教程:DEseq2差异表达基因分析

    Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用 omicverse[https://github.com/Starl...

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    Python版RNA-seq分析教程:差异表达基因分析

    Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用 omicverse[https://github.com/Starl...

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    OmicVerse: 解决整个转录组学分析的Python框架

    2023年6月7日,来自北京科技大学,清华大学与中山大学的研究者在biorxiv上发布了一篇题为“OmicVerse: A single pip...

个人介绍
博士生,生物信息学专业