IP属地：河南
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SRA数据(2)------SRA数据处理
上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代...
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annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程
annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程 部分翻译自：Hui Y, Kai W. Genomic variant annotation and p...
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用BWA-MEM比对ChIP-seq数据到基因组
20200315 诺禾致源给出的测序结果有两个，一个是测序结果原始文件.raw.fq.gz文件，一个是质控过滤raw reads得到的clean reads的.clean.f...
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hg38参考基因组的选择和BWA index使用我有一些WGS和WES数据需要分析，看了很多博客和文章，对基本流程已经有了大概认识，但是实战的时候，却卡在的人的参考基因组的选择上。查阅了很多帖子和网站资料，最终还是决定记录...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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根据OTU表绘制韦恩图之前有观众老爷问怎么根据OTU表来绘制venn图，觉得做微生物分析其它朋友应该也有此需求，今天就通过一篇文档来详细介绍一下 加载R包 读入数据 OTU表中如果丰度=0即表示此...
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聚类热图——pheatmap和complexheatmap参考 pheatmap包 >CRAN - Package pheatmap (r-project.org)[https://cran.r-project.org/web/pa...
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跟着Science学画图:python的seaborn模块画下三角热图论文 De novo assembly, annotation, and comparative analysis of 26 diverse maize genomes 部...
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结构变异SV的鉴定--smartie-sv与bayestyper
最近一直在折腾结构变异SV的鉴定，SV的鉴定软件虽然很多，但是在最近的两篇基因组文章里面，主要用的是smartie-sv和bayesTyper，其中smartie-sv主要用...
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跟着Nature microbiology学画图~R语言画韦恩图然后拼图今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions ...
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R语言绘图包05--韦恩图的绘制：ggvenn和VennDiagramR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] R语言绘图包02--热...
