临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物。结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得基于基因组的天然产物途径鉴定和描述更为方便。 antiSMASH数据库简介 a...
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antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测 -
InterProScan 最强基因功能注释软件 - 最简流程代码参考官方文档，目前 Interproscan 本地版几乎免安装，自带数据库，使用简单。 下载与安装 跳转到软件放置目录 注意到软件依赖 Java11 或者以上 使用软件 蛋白...
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busco软件使用详解BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Or...
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OPERA-LG, 基于二代/三代 scaffolding contig
”OPERA-LG: efficient and exact scaffolding of large, repeat-rich eukaryotic genomes wit...
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Aspera 下载SRA数据
之前提到Aspera 上传基因组数据到NCBI[https://www.jianshu.com/p/cd4a6732fa96]，本次学习如何利用Aspera快速下载SRA数据...
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Augustus 基因从头预测
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AU...
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从基因到表型-使用群落建模方法解读微生物互作机制内容预览 常见微生物群落代谢模拟软件的优缺/特点识别应用场景其他准备 前言 微生物群落在多个领域（如医疗保健、生物技术和环境修复）中发挥着重要作用，了解微生物群落间相互作用机...
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#代谢通路设计# 第一期学习小组分享会-代谢数据库的介绍和使用
第一期学习小组分享会，主题为代谢数据库的介绍和使用，主要内容为KEGG、BIGG、MetaCyc、MetaRxn、BRENADA、SEED、ATLAS和MINE数据库的学习和...
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GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAV...
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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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转载---[转录组] 转录组专题——关于样本重复性问题小技巧目前，转录组测序仍是应用最广的高通量测序技术之一，很多研究课题是关于基因表达潜在的机制，并已经发现了一些现象，但分子机制还不清楚。而做转录组测序特别适合用于分子机制探究，可以...
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比较转录组分析工具：TO-GCN
https://www.pnas.org/content/116/8/3091#sec-1[https://www.pnas.org/content/116/8/3091#s...
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【比较基因组】共线性分析（JCVI）比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。上一篇介绍了怎么利用MCScanX来做共线性分析，虽然后面有java的包来支持...
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ANI AAI TETRA Mash比较基因组导读 比较平均核酸一致性average nucleotide identity（ANI）和氨基酸一致性amino acid identity（AAI）是比较基因组常用的两种基...
